Si l'actualité politique générale a été centrée sur les problèmes de réforme des structures, l'avenir de la partie jurassienne du canton de Berne a continué à agiter les esprits. Aucune détente n'est intervenue dans le conflit qui divise les Jurassiens entre eux et qui oppose la minorité séparatiste à la majorité cantonale. Les élections cantonales ont été l'occasion d'un raidissement des positions, de part et d'autre. Les séquelles du terrorisme, sa reprise épisodique, de nouvelles arrestations et une évasion remarquée ont inquiété l'opinion. De même, le développement des thèses « ethniques » par les séparatistes a pris une nouvelle vigueur. Enfin, les négociations, les tentatives de rapprochement ont marqué le pas durant 1966. Il faut le constater, la nature des événements survenus a entraîné un déplacement croissant du centre de gravité du problème, qui tend à devenir plus suisse que bernois.

Les élections au Grand Conseil ont été marquées par le conflit. Dans le Jura, le Parti libéral-radical qui, dans deux districts du Sud, avait voulu s'affirmer antiséparatiste, a éclaté: des libéraux-radicaux dissidents ont fait campagne pour leur compte dans les districts de Moutier et de Courtelary, non sans succès [11]. Le parti chrétien-social est parvenu à s'implanter dans le district de Courtelary. La campagne du Rassemblement jurassien avait visé à éliminer le parti PAB et à renforcer, par le choix de candidats plus engagés, la force des séparatistes au sein de la députation [12].

L'Union des patriotes jurassiens avait mené une campagne très vive contre les séparatistes, parvenant entre autres à provoquer l'apparentement des listes PAB, libérale-radicale et socialiste dans le district de Courtelary [13]. Ce sont, pour la plupart, des députés modérés qui ont fait les frais de ces doubles manoeuvres, à l'exception du député libéral de la Neuveville, menacé par les antiséparatistes, et de son coreligionnaire Péquignot, vice-président du Grand Conseil, attaqué par les séparatistes dans les Franches-Montagnes [14]. La députation issue de la consultation comprend onze séparatistes liés au Rassemblement jurassien, neuf députés autonomistes modérés et onze députés partisans du statu quo [15]. En ce qui concerne l'élection au Conseil exécutif, les antiséparatistes soutenaient le candidat socialiste Huber; les séparatistes recommandaient de voter blanc. Dans l'ancien canton, la campagne menée par le PAB était centrée sur la question jurassienne.

Le procès des trois membres du Front de libération jurassien a eu lieu du 14 au 18 mars devant la Cour pénale fédérale à Lausanne. Les témoins et les avocats des accusés se sont attachés à démontrer le caractère politique des attentats commis, alors que le ministère public se refusait à entamer le procès de la question jurassienne. Dans son jugement, considéré par beaucoup d'observateurs comme un acte d'apaisement, la Cour a condamné les principaux accusés à huit et sept ans de réclusion [16]. Mais, pendant les cinq premiers mois de l'année; un autre groupe s'est livré à des attentats criminels dans le Jura. Ses membres ont été arrêtés au début de juin et incarcérés. La tension résultant de cette pression terroriste devait rebondir en octobre, lorsque le principal prévenu, Jean-Baptiste Hennin, s'évada et parvint à se réfugier en France où il demanda l'asile politique. Une demande d'extradition a été présentée au Gouvernement français. A la fin de l'année, le tribunal chargé de statuer n'avait pas encore pris de décision sur le caractère politique ou non des attentats commis, déterminant pour refuser ou accorder l'extradition [17]. Quoique le Rassemblement jurassien s'interdise la violence pour parvenir à ses buts, il a pris les terroristes sous sa protection et saisi les occasions données par le procès du FLJ et par l'évasion de Hennin pour proclamer ses revendications en Suisse et à Paris.

L'activité politique du Rassemblement jurassien a été intense au cours de l'année. Alors que les séparatistes réclamaient à nouveau la médiation de la Confédération dans le conflit, ils intensifiaient la lutte sur le plan suisse et à l'étranger. Le développement de la propagande fondée sur l'Ethnie française a été sensible dans les manifestations où l'on a mis en vedette la solidarité avec toutes les minorités nationales [18]. A la 19e Fête du peuple jurassien, les thèses ethniques ont été en vedette: des appels a l'unité de la Suisse romande ont été lancés, et on a tenté de démontrer le caractère non raciste, mais exclusivement culturel, de la doctrine [19]. Les séparatistes ont soutenu, pour les mêmes motifs, les thèses demandant l'élection du Conseil fédéral par le peuple, et une révision totale de la Constitution fédérale qui créerait une troisième Chambre législative, celle des ethnies [20].

Les efforts d'apaisement se sont poursuivis, mais sans grand résultat. L'abandon du projet de place d'armes pour la cavalerie dans les Franches-Montagnes, combattu par la population locale, a sans doute contribué à la détente [21]. De même, l'élection de Simon Kohler au Conseil exécutif a constitué un facteur positif; les préfets du Jura ont été réunis par lui, et le dialogue a repris [22]. Le Conseil exécutif a procédé à un examen complet du problème, et la possibilité d'organiser un plébiscite a été à nouveau évoquée [23]. La négociation menée autour des dix-sept propositions de la députation jurassienne est cependant restée au point mort; le rapport complémentaire demandé aux experts s'est fait attendre. Les autorités fédérales ont suivi le problème avec une attention soutenue, mais dans une discrétion totale.