La réorganisation du Département militaire, que le Conseil fédéral avait proposée en automne 1966, donnant suite ainsi à l'une des conclusions des commissions chargées d'enquêter sur le « Mirage », a fait l'objet en 1967 de débats aux Chambres. Dans ses grands traits, le projet prévoyait la constitution de trois groupements, Etat-major général, instruction et armement, celle d'un comité de coordination réunissant les chefs des trois groupements, la participation du nouveau chef de l'armement aux travaux de la Commission de défense nationale, le développement du commandement de l'aviation et de la défense contre avions [11]. Les travaux de la commission du Conseil national furent longs; ils firent appel largement aux «hearings ». On ne voulait pas brusquer une solution sans connaître dans leurs grandes lignes les conclusions du rapport sur la défense nationale totale. Les points qui donnèrent principalement lieu à controverse furent le problème de la direction de l'armée en temps de paix, les compétences à attribuer au nouveau chef de l'armement, le rôle de la Commission de défense nationale [12]. Réunie à fin janvier, la Commission du Conseil national réclama un rapport complémentaire au Conseil fédéral. Ce rapport, remis en avril, n'a été publié que plus tard. Il conduisit les commissaires à proposer la création d'un état-major de direction à la place du comité de coordination prévu initialement, à accorder des compétences purement consultatives à l'ancienne Commission de défense nationale, devenue Commission de défense militaire, à donner enfin une définition plus claire des compétences du nouveau chef de l'armement, sans toutefois accorder à ce dernier les moyens de se dégager de la direction administrative de ses services [13]. La planification générale demeurait liée à l'Etat-major général. Le commandement de l'armée en temps de paix devait rester au Conseil fédéral. Une commission de l'armement devait assister le chef de l'armement. Les nouvelles dispositions furent adoptées par le Conseil national le 22 juin [14], puis par le Conseil des Etats à la session de septembre, sans modifications de grande portée [15].

La nomination du chef de l'armement, qui, selon les nouvelles dispositions, devait être une personnalité civile rompue aux problèmes de la gestion industrielle, capable de diriger une grande entreprise, a donné lieu à de graves difficultés, qui n'étaient pas résolues à la fin de l'année. Le fait que ce poste soit exposé à la critique, le salaire envisagé, qui devrait être en mesure de satisfaire un industriel, ont été parmi les obstacles qui ont retenu les candidats éventuels ou qui ont entraîné leur refus par le Conseil fédéral. La solution arrêtée par la législation semble être difficile à appliquer dans ce domaine [16].

Le Conseil fédéral a décrété en outre la dissolution des gardes locales, survivance du dernier conflit mondial, dont l'existence ne se justifiait plus en raison de l'organisation du service territorial et de l'absence d'effectifs disponibles [17]. Il a décidé aussi de former des unités de grenadiers parachutistes, subordonnées aux troupes d'aviation [18]. Un nouveau règlement de service, enfin, a paru au début de l'année, contenant diverses adaptations au droit de la guerre et de nouvelles prescriptions sur la discipline [19].