Die Diskussionen um den Strukturschutz des Müllereigewerbes im Rahmen der neu zu gestaltenden Brotgetreideordnung nahmen ihren Fortgang. Die Kommission des Ständerats hatte ihre Beratungen auf das Jahr 1967 verschoben und vom Bundesrat einen ergänzenden Bericht gefordert [47]. Der Bundesrat bejahte zwar darin die Frage, ob eine Bewilligungspflicht für Weichweizenmühlen verfassungsrechtlich möglich sei. Er nahm aber gleichzeitig Stellung gegen eine solche Einschränkung der Gewerbefreiheit, da sie in den Gebieten mit Kapazitätsüberschuss einem Verbot gleichkäme, ohne dass sie die Errichtung neuer Mühlen in jenen Gebieten zu fördern vermöchte, in denen die kriegswirtschaftliche Versorgung noch nicht gesichert ist. Ein verstärkter Mahllohnausgleich würde dieses Ziel besser erreichen. Bei einer allfälligen Stillegungsaktion wäre indessen eine Bewilligungspflicht vorübergehend nicht zu vermeiden. Der Bundesrat empfahl gleichzeitig die Aufhebung des Frachtkostenbeitrags (zur Senkung der Transportkosten für ausländisches Brotgetreide), da dieser die Struktur des Müllereigewerbes nicht entscheidend beeinflusse [48]. Im Ständerat überwog in der Junisession die Ansicht, es gehe darum, die Struktur der Handelsmühlen zu erhalten und die Versorgung der Bevölkerung mit Brot auch im Kriegsfall zu sichern. Dazu sei eine Bewilligungspflicht nötig [49]. Der Nationalrat folgte aber in der Wintersession den Anträgen des Bundesrates. Dort siegten die Liberalisierungsbestrebungen, und die Gewerbevertreter konnten sich nicht durchsetzen. Die umstrittene Bewilligungspflicht wurde mit 84 zu 47 Stimmen gestrichen [50]. Am 18. Dezember stimmte auch der Ständerat dieser Lösung zu, womit nach eineinhalbjähriger Diskussion die Gesetzesänderung unter Dach gebracht war [51]. Der Transportkostenbeitrag wurde von beiden Räten den Anträgen des Bundesrates gemäss im Rahmen der Debatten um die Subventionskürzungen gestrichen [52].