Les chemins de fer se sont à nouveau trouvés en concurrence avec la route et se sont efforcés de maîtriser une situation financière difficile. Le compte des CFF de 1968 s'est soldé par un déficit de 145 millions de francs malgré une augmentation, faible il est vrai, de la fréquence et des recettes dans le trafic des marchandises et dans celui des voyageurs [34]. Les chiffres provisoires de 1969 permettent d'espérer un solde légèrement plus favorable que celui prévu par le budget [35]. Le budget pour 1970 prévoit cependant un nouveau déficit de 8,7 millions de francs sans formation de réserves ni rémunération du capital de dotation [36]. Dans les messages relatifs au compte des CFF pour 1968 et au budget pour 1970, le Conseil fédéral déclare son accord de principe en faveur d'une indemnisation des CFF. Le fait, a ajouté le Conseil fédéral, que des prestations en faveur de l'économie générale soient fournies par les CFF est incontesté et la base légale justifiant un manque à gagner existe; par contre il est difficile de calculer en détail ce manque à gagner. Les CFF ont proposé, dans une requête, de prendre comme base de calcul l'enregistrement des pertes, en se fondant sur les prix de revient dans le transport des travailleurs et des écoliers d'une part, et dans le trafic des colis de détail d'autre part. Dans ces domaines, l'adaptation intégrale des tarifs aux conditions du marché n'est pas possible pour des raisons sociales et économiques. On craint en particulier un usage encore plus prononcé des moyens de transports individuels. Selon ces calculs, le manque à gagner serait de 110 millions de francs par année [37]. L'indemnisation pourra être fixée par simple décision fédérale.

Diverses mesures ont eu pour but d'augmenter la clientèle du trafic des voyageurs. Après le succès de l'abonnement à demi-tarif pour les rentiers de l'AVS, les CFF ont examiné la possibilité d'une formule analogue pour la jeunesse [38]. L'Association suisse des invalides a revendiqué des abonnements de ce genre, mais le Conseil fédéral a repoussé à plusieurs reprises cette demande [39]. Dans le nouvel horaire semestriel du ler juin 1969, le nombre des trains TEE a été augmenté, de nouveaux trains intervilles mis en service, de nouvelles liaisons créées et les durées de trajet abrégées. Dans l'ensemble, 5600 km de trajet supplémentaire sont desservis, ce qui a provoqué une utilisation accrue du chemin de fer, mais aussi de fréquents retards [40]. Des améliorations importantes dans le trafic ne paraissent possibles que par la construction de nouvelles lignes qui permettraient des vitesses plus élevées. Un tel réseau rapide est sérieusement à l'étude comme perspective d'avenir, selon le modèle de la ligne japonaise du Takaido: il permettrait par exemple une liaison entre Zurich et Berne en 30 minutes [41]. D'autres plans sont élaborés pour plusieurs villes (Zurich, Genève, Lucerne) où il s'agirait de créer comme à Berne des possibilités de parking dans les environs immédiats de la gare. Ont été proposées aussi des liaisons directes entre les aéroports et le réseau ferré [42]. Le financement de tels projets est demeuré par contre problématique. Le conseiller fédéral Bonvin a estimé à 2 milliards de francs le besoin en capital étranger aux CFF pour la décennie 1970-1980. Pour le financement des constructions futures, on a pensé en premier leu à augmenter le capital de dotation avec un intérêt variable. Un message sur l'octroi d'un nouveau crédit supplémentaire aux chemins de fer privés qui, eux aussi, ont à réaliser des plans de construction et de rationalisation, a été annoncé [43].

Aucune décision n'a été prise en ce qui concerne l'aménagement ou la construction nouvelle de lignes de transit alpin. Dans la commission d'experts du « tunnel ferroviaire à travers les Alpes », les travaux ont si bien progressé que des estimations de frais ont pu être présentées pour 7 projets différents. La variante la plus chère (Gotthard-Ouest, Lucerne-Meiringen, Locarno: 2430 millions de francs) s'est avérée approximativement dix fois plus coflteuse que la meilleur marché (aménagement de la ligne du Lötschberg sur double voie: 255 millions de francs [44]. Ce rapport d'une part, l'opinion exprimée par les CFF que l'aménagement de la ligne d'accès du Simplon et du Lötschberg devait être entrepris indépendamment du tunnel de base du Gotthard d'autre part [45], et finalement la motion Eibel (rad., ZH) transformée en postulat, qui visait à l'élaboration d'un projet détaillé pour un tunnel de base du Gotthard [46] ont soulevé, en Suisse orientale, les véhémentes réactions des partisans de la construction d'une ligne dans l'Est alpin. Par des articles de presse, des comités d'action, des appels aux gouvernement cantonaux de Suisse orientale et le soutien de pays voisins, ils ont fait valoir les avantages régionaux et nationaux de la voie est-alpine [47]. Par contre, le projet d'un tunnel de base de la Furka ne s'est heurté à aucune résistance. Un rapport d'experts a vanté les avantages sociaux, militaires et surtout économiques d'une liaison ininterrompue durant toute l'année entre la ligne de l'Oberalp (FOB) et celle des Chemins de fer rhétiques. A l'issue de conversations entre les représentants des cantons d'Uri, du Valais et des Grisons et le conseiller fédéral Bonvin, cette réalisation a été préconisée, ce qui a permis à la direction du FOB d'annoncer la présentation d'une pétition au Conseil fédéral [48].

La question de la prise en charge de chemins de fer privés par la Confédération n'a été réglée que de façon partielle. Les actionnaires privés du Bern-Lötschberg-Simplon (BLS), qui s'étaient opposés au contrat de vente, ont été déboutés par le Tribunal fédéral [49]. Pour gagner du temps, le Conseil fédéral a voulu par la suite renouveler globalement les concessions de tous les chemins de fer du groupe d'exploitation du BLS [50] jusqu'au 17 décembre 1978 [51]. Mais le Conseil des Etats a renvoyé le projet à la commission en s'appuyant sur l'argument qu'on ne connaissait pas les conditions faites à ce renouvellement de concessions [52]. L'année s'est écoulée sans que rien de nouveau n'ait été annoncé de la prise en charge des Chemins de fer rhétiques par la Confédération. Quant à la reprise d'autres chemins de fer privés, le Conseil fédéral a déclaré vouloir attendre, avant de prendre une décision, le rapport de la commission instituée en 1967 pour examiner cette question [53].

La suppression de lignes ferroviaires dont l'exploitation est irrationnelle n'a pas toujours été sans résistance. Dans certains cas, comme par exemple celui de la ligne Etzwilen-Singen, d'une autre encore dans le Sernftal (GL) ou de celle reliant Interlaken-Est à Bönigen, cette suppression a été réalisée le 1er juin 1969, bien que quelquefois à titre d'essais seulement [54]. Dans d'autres cas, comme dans celui de la ligne du Seetal [55], l'opposition des usagers locaux l'a emporté ou a pu, comme pour la liaison entre Bellinzone et Mesocco, retarder la décision [56]. Par contre, l'exploitation de la ligne internationale Delle-Belfort a été maintenue, car le canton de Berne a pris en charge les deux tiers des indemnisations supportées jusque-là par la Confédération en faveur de la SNCF [57].