Dans le domaine de la navigation fluviale, aucune décision n'a été prise non plus en 1969. Pour accélérer une prise de décision sur le plan fédéral, le Grand Conseil argovien a décidé de présenter aux Chambres une initiative cantonale qui demande ou bien de lever l'obligation de tenir ouvertes les eaux à la navigation, ou bien de partager les frais entre la Confédération et les cantons [64]. D'autres cantons ainsi que des pays étrangers se sont exprimés positivement sur le projet du canal transhelvétique [65]. Le conseiller fédéral Bonvin a conféré avec tous les gouvernements cantonaux intéressés à la navigation fluviale. Ils ont été invités à prendre position sur le rapport, taxé d'insuffisant en 1965 par la commission du Conseil des Etats, et sur un rapport complémentaire élaboré depuis lors. Les réponses n'étaient pas parvenues à la fin de 1969 [66]. Les délibérations parlementaires n'ont pas été reprises, car le rapport complémentaire des experts neutres souhaité par la commission n'a pas encore été déposé.

Les problèmes qui se posent à la traditionnelle navigation rhénane n'ont pas été résolus non plus. Les divergences de position entre la Commission centrale du Rhin et les autorités du Marché commun (la Suisse ne veut pas se soumettre à ces dernières, n'étant pas pays membre), sont à mettre en relation avec les controverses sur l'interdiction en vigueur dans le Marché commun de faire des discriminations dans la navigation rhénane [67]. Le projet de réglementation internationale sur le tonnage en vue de diminuer l'excédent de l'offre n'a fait aucun progrès et a été abandonné. Les entreprises suisses de navigation rhénane ont dû subsister sans aide directe de la Confédération [68]. Malgré les difficultés existantes et l'âpre concurrence, l'office de navigation rhénane a pu enregistrer les résultats de 1969 comme satisfaisants. Le frêt s'est accru de 2,7 %, de sorte que les perspectives d'aveniront été jugées plus favorables [69]. Pour sauvegarder les intérêts de notre pays, le Conseil fédéral a décidé d'octroyer un prêt de 33 millions de francs pour l'aménagement du Rhin entre Strasbourg et la frontière franco-allemande à Karlsruhe [70].