Mit dem Nein zum Finanzpaket ist zugleich der Versuch zu einer gewissen materiellen Steuerharmonisierung gescheitert. Eine Ergänzung zu Art. 42ter BV hätte den Bundesrat ermächtigt, seine Beiträge an die Kantone davon abhängig zu machen, dass diese ihre Steuerkraft und ihre Steuerquellen genügend ausschöpfen. Ob es damit allerdings zu einer indirekten Angleichung der Steuerlasten in den einzelnen Kantonen gekommen wäre, wie es der Antragssteller des Verfassungsartikels, Nationalrat Biel (ldu, ZU), intendiert hatte, muss bezweifelt werden. Eine entsprechende Einfache Anfrage von Nationalrat Letsch (fdp, AG) wurde vom Bundesrat mit der Feststellung beantwortet, dass die zur Diskussion stehende Verfassungsbestimmung keinen Auftrag und keine Kompetenz zu einer sog. materiellen Steuerharmonisierung beinhalte [44].

Dennoch wurde am 12. Juni ein Schritt in Richtung Steuerharmonisierung getan. Mit 1 133 652 zu 715 072 Stimmem hiessen Volk und Stände einen Verfassungsartikel 42quinquies gut, der die Steuergesetzgebung von Bund, Kantonen und Gemeinden formell harmonisiert. Zu diesem Zweck erlässt der Bund Grundsätze über Steuerpflicht, Steuergegenstand und zeitliche Bemessung sowie über das Verfahrens- und Steuerstrafrecht. Die Steuertarife und die Freigrenzen bleiben hingegen weiterhin Sache der Kantone. Der Bundesbeschluss betrifft zudem nur die direkten Steuern. Die ganz im Schatten des Finanzpaketes stehende Vorlage war kaum bekämpft worden. Von den grösseren Parteien hatten lediglich die Liberalen, die PdA und die Republikaner die Nein-Parole beschlossen. Den Stimmbürgern des Kantons Wallis und verschiedener Kantone der Innerschweiz ging aber schon dieser Minieingriff in ihre Kantonssouveränität zu weit [45].