Uneinigkeit herrschte dagegen hinsichtlich des Projektes einer staatlichen Innovationsrisikogarantie. Mit einigen Modifikationen fand es aber dennoch Aufnahme in die bundesrätliche Botschaft. Die Landesregierung geht davon aus, dass für kleinere und mittlere Unternehmen Engpässe bei der Beschaffung von Risikokapital bestehen. Die Innovationsrisikogarantie soll dazu beitragen, diese Lücke zu schliessen. Dadurch liesse sich die für die strukturelle Anpassung so wichtige Verwertung von technischen Neuerungen fördern. Wie die bereits realisierte Exportrisikogarantie hätte die Innovationsrisikogarantie Versicherungscharakter. Sie soll es kreditsuchenden Firmen ermöglichen, die zur Verwirklichung von hochtechnologischen Innovationsvorhaben beschafften Fremdmittel teilweise beim Bund zu versichern. Im Erfolgsfall müsste das innovierende Unternehmen dem Garanten, also dem Bund, eine Prämie entrichten. Bei einem Misserfolg hingegen übernähme der Staat die Rückzahlung des Kredits im garantierten Umfang. Versicherbar wären in der Regel 50% der fremdfinanzierten Kosten. Die Versicherung hätte Eigenwirtschaftlichkeit anzustreben. Die Begutachtung der Garantiegesuche soll durch eine vom Bundesrat bestellte Kommission erfolgen. Einem Gesuch könnte nur dann stattgegeben werden, wenn für das betreffende Projekt Marktchancen vorhanden sind. Aufgrund von Anregungen, die während des Vernehmlassungsverfahrens gemacht wurden, schlägt der Bundesrat vor, die Risikogarantie vorerst nur für zehn Jahre einzuführen.

Wegen ihrer ordnungspolitischen Bedeutung stellte die Innovationsrisikogarantie im Berichtsjahr ein zentrales wirtschaftspolitisches Thema dar. Insbesondere die FDP, der Zentralverband schweizerischer Arbeitgeber-Organisationen und der Vorort lehnten die Einführung des Instruments vehement ab. Sie halten diese staatliche Risikogarantie für ein systemwidriges Mittel. Eine solche Intervention ins freie Spiel der Marktkräfte führe zu Struktur- und Wettbewerbsverzerrungen und verwässere die unternehmerische Eigenverantwortung. Anstatt durch eine staatliche Garantie solle die Bereitstellung von Risikokapital für Innovationen durch die Verbesserung der wirtschaftspolitischen und fiskalischen Rahmenbedingungen gefördert werden. Teilweise wurde auch das Bestehen einer Risikokapitallücke verneint. Demgegenüber stellten sich SGB und SPS hinter den Vorschlag des Bundesrates. Dieser liege im Interesse der Sicherung der Beschäftigung und der Wettbewerbsfähigkeit. Der SGB betrachtet die ordnungspolitischen Vorbehalte der Gegner als nicht stichhaltig. Befremdend sei es vor allem, wenn diese Kritik aus Kreisen stamme, die gegenüber der Exportrisikogarantie keine Bedenken hätten. Die Umstrittenheit der bundesrätlichen Vorlage manifestierte sich darin, dass es in der vorberatenden Kommission des Ständerates für den Eintretensbeschluss des Stichentscheides des Präsidenten bedurfte [19].