Der Bundesrat beschloss, die Volksinitiative "Stopp dem Beton — für eine Begrenzung des Strassenbaus" ohne Gegenvorschlag zur Ablehnung zu empfehlen, und beauftragte das EVED mit der Ausarbeitung einer entsprechenden Botschaft [35].

Nach dem Entscheid des Parlaments vom Vorjahr über die Belassung der umstrittenen Teilstücke im Nationalstrassennetz startete der VCS zusammen mit regionalen Komitees vier eidgenössische Volksinitiativen gegen den Bau und Betrieb von Autobahnen zwischen Murten und Yverdon (N 1), im Knonauer Amt (N 4), zwischen Biel und Solothurn (N 5) und im Jura (N 16). Diese sogenannten Kleeblatt-Initiativen wurden gesamtschweizerisch von der SPS, der GPS sowie verschiedenen Umweltschutzorganisationen unterstützt. Sie kamen in weniger als drei Monaten zustande. Da mit der Einreichung der vier Initiativen für die Fortsetzung der Bauarbeiten keine aufschiebende Wirkung erzielt werden kann, drängten die Initianten auf ein rasches Tempo bei der Behandlung der Volksbegehren. Eine von der LdU/EVP-Fraktion eingereichte Motion verlangte ebenfalls ein Moratorium im Autobahnbau bis zur Abstimmung über die Kleeblatt-Initiativen [36].

Indessen gingen die Planungsarbeiten für diese Teilstücke zum Teil forciert weiter, was namentlich die Regierungen der Westschweizer Kantone begrüssten. Der Bundesrat genehmigte das generelle Projekt Avenches—Murten/Löwenberg der N 1 und kam dabei mit der Raumplanung in Konflikt, da das neue Trassee nicht mehr mit den Richtplänen der Kantone Bern, Freiburg und Waadt übereinstimmt. Dies führte allein im Raum Murten zu über 100 Einsprachen. Der Kanton Jura protestierte mit aller Entschiedenheit gegen das Bestreben der Initianten nach einem autobahnfreien Jura und begrüsste die bundesrätliche Genehmigung der Pläne für die Transjurane, die vom Parlament 1984 als Ergänzung ins Nationalstrassennetz aufgenommen worden war [37]. Die vom Kanton Solothurn nach der Ablehnung seiner Standesinitiative gewünschten Verbesserungen am Ausführungsprojekt des N 5-Abschnittes Biel—Solothurn wurden vom Bund weitgehend akzeptiert. Trotzdem blieb der Widerstand ungebrochen, und auch ein bisher unter Verschluss gehaltener Umweltverträglichkeitsbericht kam zum Schluss, dass die N 5 die Jurafuss-Gemeinden nicht wesentlich vom Verkehr entlasten würde [38].

Nach dem Entscheid des Parlaments für die N 4 durch das Knonauer Amt sah der Bundesrat keine hinreichenden Gründe mehr, das bereits fertiggestellte Teilstück zwischen Cham und Knonau nicht dem Verkehr zu übergeben. Allerdings knüpfte er die Inbetriebnahme an verschiedene Auflagen wie Signalisations-, Lärmschutz- und Luftreinhaltemassnahmen. Mit ihrem Entscheid entsprach die Landesregierung einer Bitte des Zuger Regierungsrates, stellte sich aber gegen den Kanton Zürich, der gegen die Eröffnung des Teilstücks grösste Bedenken angemeldet hatte. Der Beschluss führte denn auch zu heftigen Protesten der meisten Zürcher Parteien und Umweltorganisationen. Die Tauglichkeit der angeordneten flankierenden Massnahmen wurde in Zweifel zogen, und der Zürcher Kantonsrat forderte den Bundesrat auf, seinen Entscheid rückgängig zu machen. Das Kantonsparlament verlangte ferner von der Zürcher Regierung die Ausarbeitung einer Standesinitiative für eine Denkpause im Nationalstrassenbau im Kanton Zürich bis 1995 [39].