Das 1986 in Kraft getretene Phosphatverbot für Textilwaschmittel zeigte erste positive Auswirkungen, indem die Phosphorfracht im Zulauf der Kläranlagen um 30–40% sank. Jedoch verdoppelte sich seither der Verbrauch des Phosphatersatzstoffes NTA. Erste Ergebnisse eines umfassenden NTA-Überwachungsprogramms liessen zwar keine nachteiligen Auswirkungen auf die Gewässer erkennen, doch wurde NTA bereits im Trinkwasser nachgewiesen. Anlass zur Sorge bot auch der Einsatz des Zusatzstoffes EDTA, der ebenfalls abgelagerte Schwermetalle regeneriert und im Gegensatz zum NTA nicht abgebaut wird. Da es dadurch zu neuen Belastungen vor allem des Trinkwassers kommen kann, will die Arbeitsgemeinschaft Wasserwerke Bodensee und Rhein durch Aufklärungsarbeit und Absprachen mit den Herstellern erreichen, dass der Stoff nicht mehr verwendet wird [34].

Seit dem Verbot der phosphathaltigen Waschmittel hat sich die Situation für die überdüngten Gewässer noch nicht wesentlich verbessert, und die Phosphatbelastung durch die Landwirtschaft bleibt weiterhin das Hauptproblem. Als prioritäre Massnahme wird schon seit Jahren die Sanierung von zu klein dimensionierten oder undichten Jauchegruben gefordert, da viele Bauern wegen ungenügender Lagerkapazitäten ihren Hofdünger trotz Verbot während der Vegetationsruhe ausbringen. Als Folge verseucht durchgesickertes Nitrat das Grundwasser, und abgeschwemmter Phosphor überdüngt Seen und Flüsse. Die totalen Sanierungskosten der gut 50 000 unzulänglichen Gruben werden auf knapp 2 Mia Fr. geschätzt, woran sich der Bund nach Vorschlag des BUS mit 30% beteiligen soll. Das Finanzdepartement lehnte es allerdings ab, die Sanierung von Hofdüngeranlagen im Talgebiet zu subventionieren (gut 30 000 betroffene Betriebe). Hingegen können aufgrund einer Anderung der Bodenverbesserungsverordnung neu nicht nur Sanierungen im Berggebiet, sondern auch in der voralpinen Hügelzone mit Bundesbeiträgen unterstützt werden [35].