Der Bundesrat beschloss, die Volksinitiative "zur Rettung unserer Gewässer", die einen strengen Schutz der natürlichen und naturnahen Gewässer verlangt, Volk und Ständen zur Ablehnung zu beantragen. Zwar beurteilte er die Zielrichtung des Begehrens grundsätzlich als richtig. Mit ihrer konsequenten und finanziell weitreichenden Ausrichtung auf den Gewässerschutz berücksichtige die Initiative jedoch andere wichtige Interessen, insbesondere dasjenige der Wassernutzung, zu wenig und stehe teilweise auch im Widerspruch zur bereits bestehenden Verfassungsgrundlage. Als indirekten Gegenvorschlag legte er die Botschaft zur Revision des Gewässerschutzgesetzes (GSG) vor. Damit soll einem erweiterten Schutzgedanken Rechnung getragen, aber auch eine umfassende Abwägung aller an Gewässern bestehenden Interessen gewährleistet werden.

Ein Schwerpunkt der Gesetzesvorlage bildet die Regelung der Restwasserfrage durch ein zweistufiges Verfahren: Der Bund legt für neue oder zu erneuernde Wasserkraftwerke Mindestrestwassermengen fest, die generell knapp gehalten sind und grundsätzlich nicht unterschritten werden dürfen. Den Kantonen obliegt es, mit erhöhten Mindestmengen die verschiedenen Schutzinteressen im Einzelfall zu berücksichtigen. Totale Nutzungen sind nicht mehr möglich. Mit Ausnahme der Bestimmungen über die Sicherung angemessener Restwassermengen legt das revidierte GSG im quantitativen Gewässerschutz, der auch Eingriffe in Wasserläufe und Uferbereiche regelt, lediglich Grundsätze fest, die den Kantonen eine eigene Rechtsetzungsbefugnis belassen.

Betreffend den qualitativen Schutz der Gewässer vor Verunreinigungen übernimmt die Gesetzesvorlage weitgehend die Bestimmungen des geltenden Rechts. Ergänzt werden sie im Bereich des Gewässerschutzes in der Landwirtschaft durch Vorschriften über Bodenbewirtschaftung und Verwertung von Hofdünger sowie durch die Möglichkeit, landwirtschaftliche Haushalte unter bestimmten Bedingungen von der Kanalisationsanschlusspflichtzu befreien. Mit Blick auf die Chemiekatastrophe von Schweizerhalle sollen ferner féste Stoffe, die in Verbindung mit Wasser die Gewässer verunreinigen können, den wassergefährdenden Flüssigkeiten gleichgestellt werden. Um die Qualitätsziele im Gewässerschutz zu erreichen, will der Revisionsentwurf die Kantone verpflichten, wenn nötig ergänzende Massnahmen zu treffen. Mit den vorgeschlagenen Subventionsbestimmungen ist im übrigen ein Abbau der Bundesleistungen um durchschnittlich rund 50 Mio Fr. pro Jahr vorgesehen [30].