Der Vorsteher des Departements des Inneren, Bundesrat Cotti, begann seine Ankündigung, die Organisationsstrukturen seines Departements zu straffen, in die Tat umzusetzen. Gestützt auf eine Querschnittanalyse im Rahmen der 2. Phase des Projekts EFFI beschloss er die Zusammenführung des Bundesamtes für Forstwesen und Landschaftsschutz (BFL) und des Bundesamtes für Umweltschutz (BUS) in ein neues Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL). Ziel dieser und allfälliger weiterer Zusammenlegungen (etwa im Bereich der kulturellen Aufgaben) soll gemäss Bundesrat Cotti nicht ein Leistungsabbau, sondern die Vermeidung von Doppelspurigkeiten und die Reduktion der Zahl der ihm direkt unterstellten Amter sein [20].

Von dieser auf den 1. Januar 1989 in Kraft getretenen Anderung betroffen war auch die beabsichtigte Dezentralisierung der Bundesverwaltung. Für das nun ins BUWAL integrierte BFL hatte der Bundesrat einen Umzug nach Bulle (FR) vorgesehen. Die Zahl der für eine Aussiedlung aus der Bundesstadt in Frage kommenden Amter hat sich damit auf drei verringert. Verlegt werden sollen das Bundesamt für Statistik nach Neuenburg, das Bundesamt für Wasserwirtschaft nach Biel und das Bundesamt für Wohnungswesen nach Grenchen (SO). Trotz weiterhin heftiger Kritik von seiten des Personals und von stadtbernischen Politikern hielt Bundesrat Stich an diesen Plänen fest [21].

Das Bundesamt für Organisation (BFO) wurde sowohl von der Geschäftsprüfungskommission des Nationalrats als auch von der Firma Mc Kinsey im Rahmen der EFFI-Querschnittanalysen einer Oberprüfung unterzogen. Dabei zeigte es sich, dass das BFO seiner Doppelaufgabe (Beratung in Fragen der Organisation, Planung und Informatik einerseits, Verwaltungskontrolle andererseits) nicht mehr gewachsen ist. Der Bundesrat nahm die Empfehlungen der GPK zur Kenntnis: er erwägt nun die Auflösung des BFO und die Zuteilung von dessen Aufgaben an neuzuschaffende Instanzen. Geschaffen werden sollen ein Bundesamt für Informatik, eine Dienststelle für Führungs-, Organisations- und Ausbildungsfragen im Personalamt (beide im EFD) und eine Dienststelle für Verwaltungskontrolle bei der Bundeskanzlei [22].