La dramatique disparition du théologien suisse Jürg Weis – responsable du Secrétariat pour l'Amérique centrale à Zurich — lors de son voyage au Salvador, a suscité plus d'une polémique. Polémique tout d'abord autour de sa mort. Si pour les autorités salvadoriennes, J. Weis a été tué en compagnie de membres de la guérilla "Front Farabundo Marti de libération nationale" (FMLN) lors d'un assaut des forces armées contre cette dernière, pour le Secrétariat pour l'Amérique centrale — citant des sources du FMLN — le théologien a été arrêté puis abattu par les forces armées. Polémique ensuite autour des sévices subis ou non par notre ressortissant. Selon le Secrétariat, Jürg Weis a été torturé avant d'être exécuté alors que, d'après le rapport d'autopsie pratiquée à Bâle, rien ne permet de soutenir cette hypothèse bien que neuf blessures par balle aient été décelées sur son corps. Si le DFAE ne s'est pas clairement prononcé sur les supplices infligés au Suisse, il a cependant attiré l'attention des autorités salvadoriennes sur la confusion régnant dans cette affaire et exigé des renseignements supplémentaires [47].