La CEDRA a, en 1988, quelque peu modifié son projet "Garantie 1985". Désormais, trois sortes de déchets coexistent: faiblement et moyennement radioactifs, moyennement radioactifs à longue durée et hautement radioactifs [57]. Cependant, selon cette nouvelle conception, il sera possible de stocker les déchets faiblement et moyennement radioactifs à courte durée dans le même dépôt.

Par ailleurs, le Conseil fédéral s'est enfin prononcé sur le projet de la coopérative devant apporter la confirmation d'un stockage sûr des déchets. Le gouvernement a conclu que la faisabilité de la gestion était démontrée pour les déchets faiblement et moyennement radioactifs. Par contre, si la sécurité de la gestion des déchets hautement radioactifs a été établie, leur lieu de stockage n'a pas été déterminé. Cependant, compte tenu de leur durée de refroidissement, le problème de leur dépôt ne se posera pas avant l'an 2020 [58].

A la fin de l'année, la CEDRA a déposé, auprès du DFTCE, un rapport concernant les recherches géologiques sur les trois lieux de stockage envisagés, à savoir le Piz Pian Grand (GR), l'Oberbauenstock (UR) et le Bois de la Glaive situé sur le territoire de la commune vaudoise d'Ollon. Dans ce texte, la coopérative spécifie que sur aucun des trois sites n'a été trouvé d'indices géologiques, hydrogéologiques ou géotechniques excluant le stockage final sûr de déchets faiblement et moyennement radioactifs à courte durée. Cependant, au Bois de la Glaive, les sondages proprement dits n'ont pu être entrepris en raison de l'opposition politique de la commune d'Ollon. Dans le même temps, la CEDRA a sollicité l'autorisation de poursuivre les forages retardés en 1985 par décision du gouvernement fédéral [59].

Le Conseil fédéral a partiellement accepté la demande de la CEDRA quant au début des forages de sondage au Wellenberg (commune de Wolfenschiessen, NW), site supplémentaire pris en considération par la coopérative comme éventuel lieu de stockage. Dans une première phase, seul le percement de galeries horizontales est autorisé, celui d'un puits étant exclu à ce stade [60]. Ainsi le Conseil fédéral a répondu aux souhaits du gouvernement nidwaldien [61]. Par contre, la Landsgemeinde a manifesté son opposition catégorique au projet. Suivant en cela le parti socialiste et le mouvement démocratique de Nidwald, elle a rejeté toute idée de dépôt au Wellenberg [62].

En raison du probable retour en Suisse, dès 1992, des déchets hautement radioactifs stockés en France, les exploitants de centrales nucléaires ont proposé de les entreposer, provisoirement et à fin de refroidissement, dans un dépôt intermédiaire situé à l'Institut Paul Scherrer (AG). La commune de Würenlingen, sur le sol de laquelle se trouve ce centre, recevrait un dédommagement de 15 millions de francs sur une période de 25 ans. Si le Conseil fédéral semble favorable à ce projet, la commune concernée et ses voisines veulent avoir droit à la parole [63].

Mis en cause dans le scandale Transnuklear – convoyeur allemand de déchets nucléaires ayant versé des pots-de-vin afin de tricher sur le degré de radioactivité des combustibles retraités et ayant peut-être vendu des matières fissiles à des pays tiers – la direction et les cadres de la centrale de Mühleberg (BE) ont été levés de toute suspicion par l'ancien juge fédéral Rudolf Matter, mandaté par les Forces motrices bernoises propriétaires de la centrale [64]. Lors des débats du Conseil national en la matière, la réponse du Conseil fédéral aux interpellations des groupes socialiste et écologiste concernant le cycle du combustible n'a pas satisfait les interpellants [65]. C'est pourquoi la conseillère nationale Rosmarie Bär (gps, BE) a insisté et déposé, auprès de la chambre basse, une initiative parlementaire demandant l'instauration d'une commission d'enquête chargée d'éclaircir cette affaire [66].