Im Hinblick auf die Verwirklichung des EG-Binnenmarktes und die Liberalisierung im europäischen Luftverkehr trat in den Mitgliedstaaten der EG anfangs Jahr ein Massnahmenpaket in Kraft, das ihren Fluggesellschaften einen wesentlich freieren Zugang zum Markt verschafft. Da diese Bestrebungen zu Nachteilen für die Fluggesellschaften und Flughäfen der Nicht-EG-Staaten führen könnten, beschloss die Schweiz, zusammen mit den EFTA-Ländern auf den Abschluss eines Luftverkehrsabkommens mit der EG hinzuarbeiten [84]. Ferner fanden zwischen den Exponenten der schweizerischen Luftfahrt und Bundesrat Ogi Gespräche über die künftige Luftfahrtpolitik statt, wobei die Revision des Luftfahrtgesetzes aus dem Jahre 1948 sowie Infrastrukturfragen im Vordergrund standen [85].

Die Swissair reagierte auf die Herausforderung des EG-Binnenmarktes, der eine noch härtere Konkurrenz im Luftverkehr bringen wird, indem sie nach neuen Formen der Zusammenarbeit mit anderen europäischen Fluggesellschaften suchte. Da die Liberalisierung einen weiteren Aufschwung des Regionalluftverkehrs erwarten lässt, beschloss die Swissair, in diesen lukrativen Markt einzusteigen. Nachdem ihr von der Regionalflugverkehrsgesellschaft Crossair, die ihr Aktienkapital auf 160 Mio Fr. verdoppelte, eine Beteiligung offeriert worden war, wurde die Swissair deren gewichtigste Minderheitsaktionärin [86].

Die Verhandlungen über Ergänzungen zum Luftverkehrsabkommen zwischen der Schweiz und den USA von 1986 führten zu einem Kompromiss, der den Fluggesellschaften beider Länder neue Marktmöglichkeiten erschliesst. Die Swissair erhält vom 1. November 1989 an ein zusätzliches Landerecht in den USA, während die amerikanischen Liniengesellschaften ihre Eigenabfertigung auf den Flughäfen Zürich und Genf erweitern dürfen [87].

Mit zwei Verordnungen passte der Bundesrat die Rechtsgrundlagen der schweizerischen Flugsicherung den neuen Gegebenheiten nach der Gründung der Aktiengesellschaft für Flugsicherung (Swisscontrol) an. Die aus der Umstrukturierung der Radio Schweiz AG hervorgegangene Swisscontrol, an der sich der Bund zu mindestens zwei Dritteln beteiligt, ist für die sichere und wirtschaftliche Abwicklung des Zivilluftverkehrs verantwortlich. Da die heutige Dichte des Luftverkehrs eine engere Zusammenarbeit der Flugsicherungsstellen der einzelnen Staaten erfordert, wird die Eurocontrol vermehrt koordinierende Planungs- und Projektierungsfunktionen im gesamten westeuropäischen Luftraum übernehmen. Eine Mitgliedschaft der Schweiz bei der Eurocontrol, der bisher neutralitätspolitische Gründe entgegenstanden, wird daher überprüft [88].

In der Hauptferienzeit im Sommer spitzten sich die Probleme der Verkehrsüberlastung im Luftraum zu und führten zu Staus und Wartezeiten auf den Flughäfen [89]. Einigen Staub wirbelte ein Arbeitskonflikt der Genfer Fluglotsen auf, die mit Fernbleiben auf ihre prekären Arbeitsbedingungen aufmerksam machten. In einer Eingabe verlangten die Verbände der Flugverkehrsleiter neben einer Stresszulage insbesondere eine Reduktion der Arbeitszeit, bessere technische Einrichtungen sowie Massnahmen zur Behebung des Personalmangels. Die Swisscontrol zeigte angesichts der ausserordentlichen Belastung der Fluglotsen in Spitzenzeiten Verständnis für deren Forderungen und gewährte ihnen eine Sonderprämie. Hingegen brachten die Verhandlungen keine Einigung in bezug auf die Verbesserung der Arbeitsbedingungen [90].

Da das steigende Verkehrswachstum in der Luftfahrt mit der heute bestehenden Infrastruktur nicht zu bewältigen ist, wird ein Ausbau der Flughäfen und der Flugabfertigungen in den nächsten Jahren unumgänglich. Entsprechende Pläne stossen allerdings in den vom Fluglärm stark betroffenen Regionen immer wieder auf Opposition. Angesichts der starken Zunahme des Luftverkehrs verlangte der "Schutzverband der Bevölkerung um den Flughafen Zürich" die strikte Einhaltung des achtstündigen Nachtflugverbots sowie eine Beschränkung der Flugbewegungen, damit die Vorgaben des Lärmzonenplanes eingehalten werden können [91]. Der Ständerat überwies eine Standesinitiative des Kantons Genf zur Kenntnisnahme und zur Behandlung im Rahmen verkehrspolitischer Vorlagen an den Bundesrat. Die Standesinitiative verlangt, dass die Zollzuschläge auf Flugbenzin für Massnahmen zur Verringerung der durch den Luftverkehr verursachten Schäden, insbesondere der Lärmbelastung, zu verwenden seien. Ferner genehmigte das EVED die Einführung lärmabhängiger Landetaxen für die Kleinaviatik auf den Landesflughäfen Genf-Cointrin und Zürich-Kloten [92].