Die neuen Bestimmungen des Natur- und Heimatschutzgesetzes (NHG) über einen umfassenden Biotopschutz, die nicht zuletzt mit Blick auf die Bekämpfung der Rothenthurm-Initiative ausgearbeitet worden waren, traten auf den 1. Februar in Kraft. Sie regeln den Schutz und den Unterhalt von Lebensräumen wie Mooren, Auen und Trockenstandorten und verlangen, dass in intensiv genutzten Gebieten mit naturnaher und standortgemässer Vegetation für ökologischen Ausgleich zu sorgen ist. Dabei entstehende Nutzungseinschränkungen oder Mindererträge werden durch die öffentliche Hand abgegolten. Für die Biotope von nationaler Bedeutung ist der Bund zuständig, für diejenigen von regionaler und lokaler Bedeutung sowie für die Massnahmen des ökologischen Ausgleichs sind die Kantone verantwortlich. In den nächsten zehn Jahren wird mit Gesamtaufwendungen von 120 Mio Fr. für den Biotopschutz gerechnet, wobei mehr als zwei Drittel auf den Bund entfallen [52].

Nachdem 1987 die Rothenthurm-Initiative angenommen und damit der Schutz der Moore und Moorlandschaften von besonderer Schönheit und nationaler Bedeutung in der Verfassung verankert worden war, wird eine erneute Revision des NHG nötig. Während die gesetzliche Grundlage für den Schutz einzelner Moore gegeben ist, muss das NHG in bezug auf die Moorlandschaften noch angepasst werden. Zudem sind Ausführungsbestimmungen zum Vollzug der Rothenthurm-Initiative zu erlassen, da unter anderem unklar ist, inwiefern sich der Verfassungsauftrag an den Bund und inwiefern er sich an die Kantone richtet. Um die Probleme mit der Interpretation des neuen Verfassungsartikels zu klären und die damit verbundenen Rechtsunsicherheiten zu beheben, sollen die schützenswerten Moore und Moorlandschaften definiert und in einem Inventar verbindlich bezeichnet werden [53].