Un certain nombre de cantons entreprennent actuellement des réformes des structures de leur instruction publique. La plupart d'entre elles concernent la répartition des années d'étude primaires et secondaires.

Ainsi la réforme de cette répartition suscite bien des controverses dans le canton de Berne. En 1987, une initiative était déposée en faveur d'un système "6+3" (6 ans d'école primaire et 3 de secondaire, donc sélection plus tardive); le gouvernement bernois se prononça en sa faveur. Les milieux enseignants sont partagés puisque l'association des professeurs du secondaire veut garder l'ancien modèle (4 ans de primaire, 5 ans de secondaire avec sélection en 4e) alors que celle des maîtres primaires soutient la nouvelle formulation. En première lecture, le parlement cantonal s'est également montré hésitant puisque le PRD, l'AN et une partie de l'UDC ont combattu cette nouvelle distribution alors que le PS, le PDC, la Freie Liste/Junges Bern, la Freie Fraktion et l'autre partie de l'UDC l'ont acceptée. Le législatif a finalement pris position en faveur de la nouvelle structure "6+3". Après une seconde lecture en février 1989, le peuple devra normalement se prononcer en automne [28]. Le souverain bernois a, par contre, rejeté par 70,2% de non l'initiative populaire pour un "degré supérieur coopératif". Celle-ci tendait à supprimer les cloisons existant entre formations primaire supérieure et secondaire par l'instauration d'un tronc commun d'enseignement; les différences se seraient établies non en fonction des classes mais des matières et les cours auraient eu lieu dans un même bâtiment. Les opposants à ce texte étaient nombreux: les autorités cantonales, l'UDC et le PRD, les petites et moyennes communes qui auraient dû céder leur degré supérieur aux grands centres ainsi que les enseignants des écoles primaires [29].

Le peuple du canton de Bâle-Ville a accepté en décembre, par 54,2% de oui, la réforme scolaire qui lui était proposée. Soutenue par le parlement, le PDC et une partie du corps enseignant, elle était contrée par les libéraux et les radicaux, la Chambre de commerce et certains professeurs, arguant d'un nivellement par le bas et d'une trop longue durée de formation. Néanmoins, après 4 ans de primaire, tous les élèves suivront désormais 3 ans d'école d'orientation. La sélection se fera dès la 8e année [30].

La réforme scolaire vaudoise, ayant introduit une 5e année de sélection, a continué d'être la cible de nombreuses critiques, un député cantonal écologiste ayant même demandé la rétrocession de la part de l'impôt consacrée à l'instruction publique aux parents dont les enfants fréquentent des écoles privées [31].