L'un des principaux problèmes auquel est confronté le monde universitaire suisse actuellement réside dans la reconnaissance des diplômes au niveau européen, notamment après l'adoption par la Communauté européenne d'une directive en la matière [37]. Le danger d'exclusion de notre pays de ce processus a inquiété plusieurs parlementaires: ainsi les députés Ziegler (ps, GE) et Pini (prd, TI) qui ont demandé tous deux que des dispositions soient élaborées afin d'obtenir la reconnaissance ou l'équivalence des titres et des diplômes suisses au niveau européen [38]. En réponse à la motion Ziegler, transmise comme postulat, le Conseil fédéral a établi un rapport dans lequel il spécifie d'abord la nuance existant, au niveau de la CE, entre l'équivalence des diplômes sur le plan professionnel (permettant d'exercer une profession réglementée) et celle sur le plan universitaire (permettant d'entrer dans une université) qui, elle, n'est pas inclue dans la directive susmentionnée. Si le gouvernement s'est déclaré prêt à étudier avec la Communauté européenne la possibilité d'une reconnaissance réciproque des diplômes, il a mis en garde contre les difficultés inhérentes à un tel projet, les domaines concernés relevant souvent des compétences cantonales. Le Conseil fédéral s'est heurté au même problème en ce qui concerne les trois conventions, émanant du Conseil de l'Europe, de ratification des textes relatifs à l'équivalence des diplômes donnant accès aux établissements universitaires, à l'équivalence des périodes universitaires et à une reconnaissance académique des qualifications universitaires [39]. Ce d'autant plus que, si les autorités cantonales et les recteurs d'universités sont conscients de cette menace d'ostracisme, ils ne sont guère favorables à de tels accords européens en raison de l'absence même d'une harmonisation au niveau fédéral [40].

Dans le cadre du second paquet de la nouvelle répartition des compétences entre la Confédération et les cantons, le Conseil fédéral a proposé la révision de la loi sur l'aide aux Universités. Tous les investissements inférieurs à 300 000 francs ne seraient plus subventionnés par la Confédération. Néanmoins, pour que les cantons universitaires ne soient pas perdants, le projet prévoit que les contributions fédérales de base soient augmentées [41].

Depuis 1960, les dépenses pour les universités ont été multipliées par 16 alors que les dépenses publiques l'ont été par 10 et le PIB par 6,5. Mais les facultés sont inégalement gourmandes. Si le rattrapage s'est essentiellement fait en faveur des sciences humaines et des lettres, la médecine est restée la discipline la plus onéreuse [42]. En 1987, 6881 étudiants ont achevé leurs études (licence/diplôme), ce qui représente une augmentation de 5,6% par rapport à 1986. Leurs prédilections sont allées aux sciences sociales et humaines (51,1 %), à la médecine (17,8%), aux sciences exactes et naturelles (16,4%) et à l'ingénierie (14,6%). Les étudiantes sont principalement attirées par les sciences sociales (39,4%) et la médecine (40%) [43].

Mais plus le degré académique s'élève, moins il y a de femmes. Si 44,4% des maturités ont été obtenues par des femmes, en année de licence/diplôme ce nombre ne s'élève plus qu'à 32,4% et se situe à 19,9% en préparation de doctorat. Les postes d'assistant(e) universitaire sont occupés à 20,6% par des femmes, ceux de professeur à 2,2% [44]. Pour remédier à cette situation, trois associations féminines genevoises se sont mobilisées pour l'introduction de quotas dans les différentes catégories d'enseignement universitaire [45]. Dans le canton de Zurich, le gouvernement a refusé une telle proposition, jugeant que le seul critère de sélection devait être la compétence [46]. Le député Ziegler (ps, GE) ayant proposé une alternative semblable au niveau des EPF, le Conseil fédéral, prêt à accepter ce postulat, a néanmoins souligné que cette situation relevait souvent de l'absence de candidatures féminines [47].

La possibilité d'entrer dans une université sans maturité existe mais est peu répandue. Une telle voie a été ouverte à Fribourg en droit, sous réserve d'un âge minimum de 30 ans, d'une expérience professionnelle et d'une motivation pour les études. Le parlement bernois a refusé, quant à lui, de créer une filière similaire [48].

L'Université de Genève, désirant s'ouvrir à des publics nouveaux, a constaté qu'il était difficile, notamment pour les adultes, de concilier vie professionnelle et études. C'est pourquoi la faculté des Lettres a conçu et mis sur pied une formule de licence par brevet. Il s'agit ainsi de dissocier les trois disciplines (branches A, B et C) obligatoires afin de pouvoir les étudier séparément [49].

Le parlement bernois a accepté la révision de la loi universitaire. Ce nouveau projet renforce la position de la direction de l'école et maintient l'obligation d'appartenance à l'association des étudiants pour tout nouvel immatriculé, ladite association menaçant d'utiliser le référendum si cet aspect était supprimé, comme le prévoyait la proposition originelle [50]. Berne a par ailleurs innové en créant la première chaire en écologie générale, occupée par l'économiste Jost Krippendorf [51].