La commission du Conseil des Etats a débuté ses travaux sur le projet de nouvelle loi sur les Ecoles polytechniques fédérales; ils devraient prendre fin en février 1989. Ce texte ordonne le Conseil des EPF comme organe de direction général, fixant les objectifs de formation et de recherche de chaque EPF et de chaque établissement affilié. La Direction du domaine des EPF assumera la gestion opérationnelle et lui sera subordonnée. Une Assemblée du domaine des EPF est créée; elle est composée de représentants de tous les groupes des écoles (étudiants, assistants, personnel) et fonctionnera comme organe consultatif du Conseil. L'ensemble des EPF sera désormais assujéti au Département fédéral de l'Intérieur, non plus au Conseil fédéral. Le projet de loi repose sur le principe voulant que les EPF et leurs centres de recherche agissent avec la plus grande autonomie possible en matière de finance et de formation, sans leur accorder toutefois l'indépendance juridique [52].

Si l'entrée en matière a été votée sans opposition, il ne s'agit pas là d'un signe d'acceptation du projet de loi car celui-ci est contesté par certains milieux. La direction de l'école zurichoise souhaiterait plus de liberté dans la gestion concrète de son travail. La Société université et recherche reproche au projet d'être passéiste et centralisateur. L'autonomie des EPF n'est, à son goût, pas suffisamment garantie. L'Union nationale des étudiants de Suisse (UNES) et l'Association des étudiants de l'EPFZ ont constaté le manque de possibilités de participation des étudiants, ceux-ci, représentés au sein de l'Assemblée du domaine des EPF, n'ayant plus qu'une voix consultative, bien que la commission du Conseil des Etats ait suggéré d'y introduire un droit de proposition. De surcroît, l'UNES a contesté la centralisation de la direction ainsi que le style 'managérial' qu'on veut lui donner. Elle a menacé, si le projet de loi n'était pas renvoyé au Conseil fédéral, de lancer un référendum, arme ayant été la cause de l'échec d'une première loi en 1969 [53].