Der Rücktritt von Bundesrätin Kopp führte zur Einsetzung einer parlamentarischen Untersuchungskommission (PUK) durch die Bundesversammlung. Es war nach der Untersuchung der Kostenüberschreitungen bei der Mirage-Beschaffung 1964 und der Abklärung von Vorwürfen gegen ein Nationalratsmitglied während des ersten Weltkriegs erst das dritte Mal, dass das Parlament eine spezielle Ermittlungskommission bildete. Gestützt auf die gesetzlichen Grundlagen, die das Parlament im Nachgang an die Untersuchung der Mirage-Affäre geschaffen hatte (Geschäftsverkehrsgesetz Art. 53 ff.), ist eine PUK mit bedeutend mehr Kompetenzen ausgestattet als die ständigen Geschäftsprüfungskommissionen. Insbesondere kann sie Beamte und übrige Auskunftspersonen als Zeugen vernehmen und Einsicht in alle Akten der Bundesverwaltung nehmen.

Die vier Regierungsparteien machten sich die ursprünglich von der SP und der GPS vorgebrachte Forderung nach einer Sonderabklärung zu eigen und beantragten dem Parlament die Einsetzung einer PUK. Diese sollte nicht nur die Umstände der Demission von E. Kopp, sondern auch ihre Amtsführung und Vorwürfe gegen das EJPD im Zusammenhang mit der Bekämpfung des Drogenhandels und der Geldwäscherei unter die Lupe nehmen. Die beiden Kammern stimmten im Rahmen einer Sondersession am 31. Januar der Einsetzung einer aus je sieben National- und Ständeräten gebildeten PUK zu. Der Vorsitz über die nationalrätliche Unterkommission, und damit auch über die gesamte PUK, wurde – nach einigem parteipolitischem Gerangel – dem Sozialdemokraten Moritz Leuenberger (ZH) übertragen [27].