Selon le DFJP, le plan directeur «Armée 95» aura des incidences sur la protection civile (PC). La mission de cette dernière restera la même, à savoir la sauvegarde de la population en temps de guerre. Mais la réduction prévue de l'âge du passage de l'armée à la PC permettra d'une part d'augmenter les capacités d'intervention du corps en le rajeunissant, d'autre part de libérer les citoyens suisses de leurs obligations dès 52 ans, contre 60 ans actuellement [56]. Des changements de l'armée, le DFJP escompte une conduite plus ferme des hommes de la protection civile ainsi que des avantages dans le domaine de l'instruction (mise à disposition de militaires dont les connaissances sont récentes). Cependant, d'aucuns craignent que ces mesures ne conduisent 'à une militarisation de la PC [57].

Par ailleurs, le problème quasi chronique de la PC, l'instruction, préoccupe toujours les autorités puisque la chambre du peuple a accepté une motion Neuenschwander (udc, ZH) sollicitant la création d'un centre fédéral de formation pour les instructeurs [58].