Alors que le total des charges de mise en valeur était de 948,7 millions de francs pour le compte laitier de la Confédération de 1987/1988, celui de 1988/1989 perce la barre fatidique du milliard pour se porter à 1040 millions de francs. Cela représente une augmentation de 91 millions par rapport à l'exercice précédent. Le coût de mise en valeur du lait est passé de 290 à 322 millions de francs et celui du fromage de 490 à 534 millions, le reste de la hausse se répartissant dans les divers autres produits laitiers (lait condensé, yoghourts, crème à café, etc.). La couverture de ce compte est assurée à plus des deux tiers (722,5 millions) par la Confédération. Le solde se compose de taxes à l'importation, de rentrées fédérales directement affectées à cet effet et, dans une moindre mesure, d'une participation des producteurs [17].

Le ler novembre 1989 a vu l'entrée en vigueur du nouvel arrêté laitier valable pour 10 ans et qui sera la base légale du compte laitier, des mesures de production et du contingentement. Les résistances s'étaient effectuées autour du contingentement et du problème du remboursement des dépassements mais, finalement, la menacé référendaire ne fut pas mise à exécution. Cet arrêté maintient un système de contingentement par exploitation, c'est-àdire un contingentement individuel afin de limiter les dépenses portées au compte laitier. Le Conseil fédéral peut, au début de chaque année laitière, fixer la quantité globale de la production ainsi que les modifications de contingents individuels et les contingents maximums par hectare. Pour couvrir en partie le compte laitier, cet arrêté accentue la participation des producteurs aux frais de mise en valeur par le truchement de trois taxes: taxe pour dépassement de contingent, taxe générale (4 centimes par kilo sur la quantité totale de lait commercialisé) et taxe supplémentaire (perçue en sus de 80 000 kg par exploitation et par année à raison de 5 centimes au plus par kilo et de 1 O centimes au plus par kilo au delà de 200 000 kg) [18].

Dans la demande du Conseil fédéral d'une augmentation du budget pour 1989 d'un montant de 436 millions de francs, 203 étaient destinés à l'agriculture dont 106 consacrés à la prise en charge des excédents (beurre, fromage, etc.). Cela provoqua de vives interventions au Conseil national, notamment de la part de Walter Biel (AdI, ZH) contre la surproduction. Néanmoins, la grande chambre accepta sans difficultés cette seconde tranche du supplément [19].

Dans le cadre de la révision de la loi sur la protection des eaux faisant office de contre-projet indirect à l'initiative «Pour la sauvegarde de nos eaux», les Chambres se sont attaquées au problème des fabriques d'animaux et leurs conséquences sur l'environnement. Le Conseil national ainsi que sa commission, grâce à un accord radicalo-socialiste et stimulés par le bon score de l'initiative «en faveur des petits paysans», a adopté plusieurs mesures restrictives à leur égard. Il fut confirmé qu'une exploitation agricole doit disposer d'une surface utile permettant l'épandage par hectare de l'engrais de trois unités de gros bétail-fumure (UGBF) – une unité équivalant à une vache de 600 kilos – alors qu'actuellement cette règle est de quatre. De plus, les cantons auraient la possibilité d'abaisser cette limite en fonction des conditions géographiques et de la charge du sol en polluants. Deux autres mesures allant dans le même sens furent prises: l'établissement d'une durée d'entreposage de trois mois pour les fosses à purin et la décision que la moitié au moins de la quantité d'engrais devrait être répandue sur la surface propre de l'entreprise [20].

Ces mesures signifieraient la disparition des exploitations qui engraissent des animaux sans disposer d'un terrain suffisant pour épandre le lisier. Environ 13 000 entreprises (dont la majorité se trouve au centre et à l'est de la Suisse) seraient touchées et ce sont de un million de cochons et de 180 000 bovins dont se verrait réduit le cheptel helvétique. Alors que le Conseil national avait adopté relativement facilement ces modifications au projet du Conseil fédéral, le Conseil des Etats resta fermement sur ses positions; ces divergences sont donc maintenues [21].