Dans la situation de la Suisse en matière de transports, le choix d'une NLFA revêt une importance fondamentale et représente, selon le gouvernement, une solution majeure aux pressions conjuguées et contradictoires de la CE en vue de l'augmentation des limites de tonnage admises pour les camions et des atteintes que le trafic de transit par route fait subir à l'environnement. La construction d'une transversale alpine a, d'ailleurs, reçu une approbation de principe de la part de la majorité des partis et organes concernés. Seuls le parti écologique et certaines organisations de protection de l'environnement sont fermement opposés à un projet de ce type, estimant que cela ne contiendrait en rien l'augmentation du trafic routier, ne ferait que créer de nouveaux besoins de mobilité et causerait des dégâts écologiques supplémentaires.

Lors de la procédure de consultation, entamée à la fin de 1988, les cantons romands ainsi que celui de Berne constituèrent un front commun en faveur de la variante Lötschberg-Simplon. Treize cantons, de Suisse centrale essentiellement, prirent position en faveur de la variante du Gothard. La variante du Splügen fut rapidement abandonnée, au grand dam des cantons de Suisse orientale (AI, AR, GL, GR, SG et TG). Les CFF, quant à eux, se prononcèrent publiquement en faveur de la variante Gothard, ce qui provoqua une vive controverse, les défenseurs du Lötschberg-Simplon accusant la régie d'outrepasser ses fonctions [42].

Le choix du Conseil fédéral, rendu public le 10 mai, est une solution de compromis entre la dimension européenne du projet et la satisfaction de revendications régionales. Elle comprend deux tunnels de base; le Gothard (49 km), choisi à titre principal, et le Lötschberg-Simplon (28 km) à titre complémentaire. Finalement, au sujet du Gothard, le Conseil fédéral abandonna la variante du Gothard-est pour laquelle les cantons de Suisse orientale avaient mené une importante campagne de dernière minute afin d'être tout de même impliqués géographiquement par la NLFA. Selon lui, si cette version avait quelques avantages dans la recherche d'un consensus, elle présentait toutefois trop d'inconvénients, notamment un délai de construction trop long. Cependant, le gouvernement a annoncé son intention d'entreprendre une série de travaux qui amélioreront la liaison de cette région à la ligne du Gothard. Le prix des travaux pour les deux tunnels,ainsi que les différents accès et raccordements devraient s'élever à quelques 7,6 milliards de francs (non compris les aménagements pour la Suisse orientale et romande). Le Conseil fédéral a décidé qu'il tirerait une partie de l'argent nécessaire aux investissements des droits de douane sur les carburants. La part ainsi couverte pourrait se situer entre 30 et 40% [43].

Selon toute vraisemblance, la NLFA ne pourra pas entrer en fonction avant l'an 2010. Or, la pression de la CE afin que la Suisse accepte le transit des camions de 40 tonnes s'accentuant, le Conseil fédéral a estimé urgent de lui offrir des couloirs de ferroutage. C'est pourquoi il a décidé de débloquer un montant de 1,465 milliards de francs afin qu'en 1994, en tant que solution intermédiaire, le Gothard et le Lötschberg soient aménagés de manière à augmenter leurs capacités; au Gothard, le nombre de camions pouvant être chargés sur des trains devrait passer de 114 000 à 363 000 annuellement et au Lötschberg de zéro à 115 000, ce dernier pouvant recevoir les camions les plus hauts [44].