Malgré l'échec du référendum contre rail 2000 en décembre 1987, la contestation contre certaines dispositions du projet s'est accrue. Sur les quatre nouveaux tronçons à construire, deux sont particulièrement mis en cause. Il s'agit de ceux de Mattstetten (BE)-Rothrist (AG) et d'Olten (SO)-Muttenz (BL) qui connaissent des situations analogues. Dans le premier cas, les 49 communes concernées par cette nouvelle ligne, appuyées par les gouvernements cantonaux, se sont engagées en faveur d'une variante qui ménagerait davantage l'environnement et les terres agricoles par le percement d'un tunnel sous le Muniberg et divers autres ouvrages de ce type. Dans le second cas, quatre communes de Bâle-Campagne ainsi que le gouvernement de ce canton se battent pour une variante qui éviterait la commune de Sissach et comprendrait un tunnel de 18 km à partir de Liestal. Dans les deux cas, les CFF restent extrêmement réticents et ne désirent pas modifier leurs plans. La direction générale de la régie a invoqué pour cela les surcoûts que de telles améliorations occasionneraient [45].

En 1985, le budget de Rail 2000 pour ces quatre nouveaux tronçons avait été devisé à 5,4 milliards de francs. Mais dans un rapport intermédiaire adressé au Conseil fédéral, les CFF ont prévu un dépassement de coûts de l'ordre de 2,1 milliards (+40%). Cette augmentation est due aux nouvelles exigences de protection de l'environnement, aux modifications de projets suite à des revendications régionales et à la hausse des prix des terrains [46].