Le Conseil des Etats a interrompu la discussion par article de la loi sur les chemins de fer dont le Conseil fédéral avait proposé une modification en 1987. Selon la petite Chambre, le rejet de la politique coordonnée des transports en juin 1988 et l'adoption de Rail 2000 en décembre 1987 ont notablement changé les conditions d'une révision. En conséquence, la Commission des transports et du trafic a déposé une motion – qui fut adoptée – demandant au Conseil fédéral de présenter aux Chambres un nouveau message. Ce dernier doit particulièrement examiner les bases constitutionnelles d'une participation des cantons aux indemnités versées aux entreprises de transports concessionnaires (ETC) ainsi que sur le principe de l'indemnisation des prestations de service public. D'autre part, le gouvernement est encore chargé de procéder à un réaménagement de la contribution de la Confédération destinée aux transports publics dans les agglomérations ainsi que dans les régions périphériques et de montagne [48].

Dans le cadre de la promotion du transport de marchandises sur rail, la même Chambre a encore approuvé la loi sur les raccordements ferroviaires qui remplace celle de 1874. Le but de ce texte est de favoriser le transfert de marchandises de la route au rail en facilitant l'aménagement de voies de raccordements reliant le réseau des CFF ou d'autres compagnies à des zones industrielles et artisanales. Le projet du Conseil fédéral a été quelque peu modifié afin de mieux harmoniser cette loi avec celle sur l'aménagement du terriroire; la petite chambre, si elle a maintenu le droit d'expropriation, a refusé l'introduction d'un droit de passage nécessaire [49].