Les comptes des CFF pour l'année 1989 montrent que la régie nationale a rempli, selon les voeux du Conseil fédéral, le mandat qui lui était assigné. En effet, le total des produits de 5045,3 millions de francs et le total des charges de 4975,3 millions font apparaître un excédent de produit de 70 millions de francs, c'est-à-dire un résultat supérieur aux 42,2 millions du compte 1988 [52]. De plus, les CFF ont largement rempli leur contrat en ce qui concerne leurs contributions d'infrastructures qui se montent à 102 millions de francs alors que seuls 25,2 millions étaient budgetisés. Toutefois, ils grèvent de façon accrue les finances fédérales de 1465 millions, même si cela représente 19 millions de moins que prévu. Dans le secteur des voyageurs, les CFF ont battu un nouveau record en transportant 259,5 millions de personnes (+0,1 % par rapport à 1988) correspondant à un revenu de 1370,1 millions de francs (+6,6%). La croissance est plus importante dans le domaine des marchandises qui a atteint 50,8 millions de tonnes (+5,4%) représentant un revenu de 1243,3 millions (+5,4%). Par ailleurs, les charges de personnel ont atteint 2776,8 millions de francs (+5%). La régie a également battu des records à propos des investissements bruts qui se sont portés à 1630,6 millions de francs (+8,1 %) [53].

Dans le budget 1990 des CFF, l'équilibre des comptes est réalisé. Si, à l'origine, 12 millions de francs étaient prévus en tant qu'excédent de produit, le Conseil fédéral a décidé d'affecter cette somme aux contributions aux frais d'infrastructures qui atteindraient ainsi 37 millions de francs. Néanmoins, la situation des CFF se détériore et ce n'est que grâce à un accroissement des charges de la Confédération qui se monteront à 1775 millions (+21,5% par rapport à 1989) que la situation pourra être stabilisée. A preuve, le taux de couverture des charges totales de la régie s'inscrit en recul, passant de 81,9% dans le budget 1989 à 80,8% dans le budget 1990. Selon la commission du Conseil national, le plan à moyen terme 1991-1995 présente un horizon financier médiocre; la participation de l'entreprise aux coûts d'infrastructure restera limitée alors que celle de la Confédération grimpera jusqu'à 1,4 milliards de francs en 1995 contre 986 millions en 1990. Cela devrait, selon la commission, obliger les CFF à augmenter leurs prix et à diminuer leurs prestations [54].

En 1989, les CFF ont déjà entamé une telle politique. La régie a augmenté ses prix (ce qu'elle n'avait pas fait depuis 1985); les tarifs ont subi une hausse de 6,5 à 12% [55]. Une deuxième vague d'augmentation doit prendre effet le 1er janvier 1990 et il est, de plus, prévu de procéder tous les deux ans, dès 1991, à une hausse des tarifs [56]. Dans leur plan de rigueur, les CFF ont encore envisagé quelques mesures destinées à économiser entre 43 et 87 millions de francs par année. La régie prévoit, en premier lieu, de supprimer, dans les prochaines années, huit lignes régionales qui seraient remplacées par des services de bus [57]. Ensuite, les CFF désirent poursuivre la diminution du nombre des contrôleurs dans les trains d'agglomérations et les trains régionaux. Ils songent également à automatiser les 250 gares qui réalisent un chiffre d'affaire annuel trop faible. Ces mesures ont provoqué de nombreuses réactions négatives où les CFF furent accusés de ne pas assumer leur mission de service public et de freiner la politique de promotion des transports en commun [58].

Le législatif, inquiet des dépenses de la régie, a montré sa volonté de les contrôler de plus près. Lors du débat au sujet de la loi sur les finances de la Confédération au Conseil des Etats, la Commission des finances a déposé et fait accepter une motion sur le problème de la compétence du parlement en ce qui concerne les investissements des CFF. Ce texte prévoit une modification de la loi sur les CFF dans le sens d'une participation accrue des Chambres dans les décisions relatives à la politique des investissements de la régie [59].