La CE et la CCNR (Commission centrale pour la navigation du Rhin), dont la Suisse fait partie, se sont préoccupées de remédier aux problèmes structurels de la navigation rhénane. Elles se sont engagées, par un protocole additionnel à la Convention révisée pour la navigation du Rhin de 1868, à mettre en ceuvre une action de déchirage (mise hors service de certains bateaux) d'environ 10 à 15% de la flotte rhénane. Ceci suppose la création de fonds d'indemnisation alimentés par les entreprises de navigation afin de verser une prime pour chaque bateau retiré. Ces fonds bénéficieront, au départ, d'une avance sans intérêts de la part des Etats concernés. La Suisse y contribuera par une somme d'environ 13,5 millions de francs qui sera remboursée dans un délai de dix ans par les propriétaires. Les Chambres ont accepté à l'unanimité le protocole additionnel, l'arrêté fédéral pour sa mise en oeuvre, ainsi que la clause d'urgence permettant d'agir immédiatement et d'éviter ainsi tout phénomène de spéculation [74].

La grande Chambre a traité le rapport sur la protection du tracé des voies navigables présenté par le Conseil fédéral en 1987. Selon A. Ogi, le développement de la navigation fluviale n'est guère utile car la poursuite des priorités actuelles du gouvernement (Rail 2000, achèvement du réseau des routes nationales) fait que l'infrastructure ainsi créée sera largement suffisante, et ce pour longtemps. Le gouvernement entend seulement prendre certaines mesures de protection sur les rives du Rhin jusqu'à l'embouchure de l'Aar, mais y renoncera en ce qui concerne le secteur allant de cette embouchure aux lacs jurassiens. Le Conseil national se borna à prendre acte de ce rapport au grand dépit de certains Romands qui voyaient dans une liaison fluviale Yverdon-Bâle un complément idéal au transport par route et par rail [75].