L'événement majeur en 1989, pour lequel la Suisse, par le truchement de F. Cotti, s'est beaucoup investie, a été la Conférence de Bâle sur les mouvements transfrontières de déchets spéciaux. Une première approche eut lieu en début d'année à Dakar lors de la réunion ministérielle euroafricaine à l'initiative du Sénégal et du Programme des Nations Unies pour l'environnement qui visait à un échange de vues entre Européens et Africains au sujet d'un projet de convention mondiale qui devait être l'objet de cette conférence. Cette rencontre permit surtout de mettre à jour les divergences; alors que les pays européens désiraient des mesures assez souples qui, bien qu'elles s'attachent à la protection des pays du Tiers-monde, ne condamnent pas toute possibilité d'exportation de déchets spéciaux, certains pays africains voulaient une interdiction totale du transport des déchets pour tous [45].

La Suisse a eu un rôle central dans la préparation de la Convention sur le contrôle des mouvements transfrontières des déchets dangereux. En effet, c'est A. Clerc, sous-directeur de l'OFEFP, qui présida le groupe d'experts chargé de sa préparation. Cette convention, d'autant plus nécessaire que la production de déchets spéciaux atteint des volumes de plus en plus élevés dans les pays industrialisés (plus de 500 millions de tonnes par année dont au moins 300 000 pour la Suisse), a pour but de réduire progressivement la production de déchets dangereux, d'assurer à chaque pays le droit de refuser un chargement de déchets ou de laisser ce chargement quitter son territoire, de développer les installations d'élimination près des lieux de production, de diminuer les mouvements transfrontières tout en renforçant leur contrôle et d'assister les pays du Tiers-monde en ce qui concerne les installations d'élimination et de stockage [46].

La Conférence de Bâle a réuni 116 pays. Suite à de longues négociations, elle a finalement abouti; les Etats africains ont assoupli leur position, même s'ils se sont, en bloc, limités à signer l'acte final (tout comme 107 pays en tout), leur revendication étant toujours celle d'une suppression totale du commerce des déchets spéciaux. 34 pays, de même que la CE, ont signé la convention. L'URSS, les pays de l'Est, le Japon, les Etats-Unis et la Grande-Bretagne se sont abstenus car ils préfèrent la pratique d'accords bilatéraux. 20 Etats doivent ratifier la convention pour qu'elle entre en vigueur. D'autre part, un secrétariat intérimaire de la Convention a été créé à Genève. F. Cotti a lancé un appel lors de la Conférence de Londres (faisant suite à celle de Bâle) pour une large ratification de la Convention. Il a réussi à convaincre certains pays africains de sa valeur dans le sens où elle laisse libre chaque Etat d'interdire aussi bien l'importation que l'exportation de déchets spéciaux [47].

L'idée, énoncée dans la Convention de Bâle, d'éliminer, traiter ou entreposer les déchets sur le lieu de production prend forme en Suisse bien qu'il ne soit pas facile de trouver des sites à cet effet, la population étant généralement opposée à l'implantation de telles installations. Ces dépôts accueilleront des matériaux traités selon les prescriptions de l'ordonnance sur le traitement des déchets (OTD), en consultation, et dont le but est d'imposer un traitement systématique des déchets sur place pour aboutir soit à une substance recyclable, soit à des résidus inertes faciles à entreposer définitivement [48]. Dans le cadre de l'élimination des déchets spéciaux, le groupe démocrate-chrétien a déposé une motion qui demande au Conseil fédéral de prévoir dans la loi une obligation pour le producteur de déchets de les acheminer vers une installation d'élimination déterminée et l'obligation pour cette dernière de les prendre en charge. La motion fut acceptée sans opposition au Conseil des Etats [49].