En février 1989, le Conseil fédéral a proposé une réorganisation d'importance du Département fédéral de l'Intérieur (DFI) par la constitution d'un groupement de l'éducation et de la recherche. Celui-ci, réunissant les deux écoles polytechniques fédérales, les instituts de recherche du Conseil des EPF ainsi que l'Office fédéral de l'éducation et de la science, permettrait une gestion unifiée, cohérente et efficace des domaines précités, puisque toutes les activités y afférantes seraient réunies dans une même ligne de commandement [28].

Si les deux Chambres ont approuvé la constitution de ce groupement, elles ont par contre désavoué sa forme, soutenues en cela par la CDIP, la Conférence universitaire suisse ainsi que par celle des recteurs. Deux aspects ont été principalement critiqués. Le premier réside dans la désignation même du groupement dit «de l'éducation et de la recherche». Pour la plupart des milieux susmentionnés, le terme «éducation» fait référence aux compétences cantonales en la matière, en aucun cas à une quelconque compétence fédérale. Ce point de vue a été pris en compte par le Conseil des Etats puisque celui-ci, s'il a accepté la création d'un tel groupement, en a modifié la dénomination – suivant en cela une proposition Cavadini (pl, NE) – au profit de l'intitulé «groupement de la science et de la recherche» [29].

Le second aspect fustigé, et ce violemment, a trait au cumul des fonctions de président du Conseil des EPF et de directeur du groupement, initialement prévu par le gouvernement. Tant les milieux universitaires que la commission de la science et de la recherche du Conseil national s'opposèrent vivement à une telle structure administrative. Un déséquilibre dans le poids respectif des EPF et des universités, la mise en danger de l'autonomie de ces dernières, la concentration des compétences en mains zurichoises et des écoles poly-techniques, le risque de voir privilégier les sciences techniques au détriment de celles sociales et humaines ont conduit la commission du Conseil national à subordonner son acceptation non seulement à la renonciation à un tel cumul mais aussi à l'abandon, par le futur directeur du groupement, de toute fonction directrice au sein d'une haute école cantonale ou fédérale. Devant cette opposition, soutenue par l'ensemble des partis à l'exception de l’UDC – en raison du fédéralisme et des coûts financiers suscités – F. Cotti décida de délaisser l'union personnelle des tâches directives. Ainsi, la grande chambre put accepter le projet à l'unanimité. Elle a par ailleurs transmis une motion de sa commission de la science, demandant que le directeur de ce groupement puisse porter le titre de secrétaire d'Etat afin de renforcer son statut au niveau international [30].