Der Bundesrat legte dem Parlament seinen Beschluss, auf den 1. Januar 1990 das Bundesamt für Organisation aufzulösen und ein neues Bundesamt für Informatik im EFD zu bilden, nachträglich zur Genehmigung vor. Beide Kammern stimmten oppositionslos zu [15].

Die wachsenden Probleme in der Asylpolitik führten zur Bildung eines neuen Bundesamtes für Flüchtlinge im EJPD; zu dessen Leiter wurde der bisherige Delegierte für das Flüchtlingswesen, Peter Arbenz, gewählt [16].

Da eine Reorganisation der Bundesanwaltschaft bereits im Vorjahr mit der Überweisung der Anträge der Puk durch das Parlament eingeleitet worden war, hatten im Nationalrat die in dieser Sache noch hängigen persönlichen Vorstösse von seiten der Linken und der Grünen keine Erfolgsaussichten. Die Motionen wurden in Postulate umgewandelt oder, falls ihre Urheber damit nicht einverstanden waren, abgelehnt [17]. Die Fichenaffäre zeitigte hingegen weitere personelle Konsequenzen. Der Chef der Bundespolizei und gleichzeitig auch Leiter der militärischen Abwehr, Peter Huber, wurde nach der Entdeckung von Karteien im EMD bis auf weiteres beurlaubt [18]. Für den 1989 beurlaubten Bundesanwalt Gerber konnte nach langer Suche ein Nachfolger gefunden werden. Mit Amtsantritt auf den 1. August übernahm im Sinne einer Übergangslösung der 63jährige Willy Padrutt, bisher Staatsanwalt des Kantons Graubünden, das Amt [19].

Die Zusammenarbeit des Bundes mit der 1986 für die Realisierung departementsübergreifender Rationalisierungsmassnahmen beigezogenen externen Beraterfirma McKinsey wurde sistiert. Den Beratern wurde vorgeworfen, dass sie in ihren Untersuchungen die Spezifität der politischen Verwaltung nicht genügend berücksichtigt hätten, und dass sich ihre Vorschläge zum Teil als nicht realisierbar erwiesen hätten. In der Presse wurde allerdings festgehalten, dass nicht wenige der in den letzten Jahren vorgenommenen Reorganisationsmassnahmen in der Bundesverwaltung (z.B. die Zusammenlegung von Ämtern) auf Vorschläge der externen Berater zurückzuführen sein dürften. Bundeskanzler Buser gab bekannt, dass von den insgesamt vierzig Teilprogrammen zur Effizienzsteigerung deren 22 in Umsetzung begriffen sind oder kurz davor stehen. Von den restlichen sollen noch fünf weiterverfolgt werden, während die übrigen, darunter sämtliche Privatisierungsvorhaben, gestrichen worden sind [20].

Mit der unter dem Titel der Dezentralisierung der Bundesverwaltung laufenden Auslagerung von drei Bundesämtern nach Neuenburg, Biel und Grenchen (SO) harzte es weiterhin. Die im Januar für 1990 angekündigte Botschaft des Bundesrates wurde noch nicht verabschiedet. Auf lokaler Ebene gingen die Vorarbeiten aber weiter: in Neuenburg, wohin das Bundesamt für Statistik mit seinen rund 300 Angestellten dislozieren soll, stellten die Behörden ein konkretes Bauprojekt vor [21].