La révision de la loi sur la protection des eaux, faisant office de contre-projet indirect à l'initiative "pour la sauvegarde de nos eaux", est arrivée au terme de sa trajectoire parlementaire. Dans le cadre de la limitation de la pollution des eaux par l'agriculture, le Conseil national avait, en 1989, décidé que les éleveurs devaient pouvoir épandre sur la surface utile de l'exploitation, en propre ou en fermage, la moitié au moins des engrais de ferme produits par leur bétail. Mais cette mesure, dirigée avant tout contre les fabriques d'animaux et le tourisme du lisier, n'avait pas été acceptée par le Conseil des Etats. Moins strict, le compromis adopté en 1990 par les Chambres prévoit qu'une telle mesure ne s'appliquera plus qu'aux cas où les surfaces garanties par contrat, ou une partie de celles-ci, sont situées hors du rayon d'exploitation normal pour la localité. Par contre, la limite de trois unités de gros bétail-fumure (UGBF) par hectare pour l'épandage fut conservée ainsi que la possibilité laissée aux cantons de réduire ce chiffre en fonction de la charge du sol en polluants, de l'altitude et des conditions topographiques. Il reste toutefois possible d'accorder des exceptions pour les petites et moyennes entreprises déjà existantes et celles pratiquant l'aviculture, la garde de chevaux ou assumant des tâches d'intérêt public [31].

La santé du bétail et de la population a été source d'inquiétude en raison de l'épidémie d'encéphalite spongiforme bovine (ESB), plus connue sous le nom de "maladie de la vache folle" [32]. Jusqu'en 1990, les seuls cas connus n'avaient été diagnostiqués qu'en Grande-Bretagne. C'est d'ailleurs pourquoi l'Office vétérinaire fédéral (OVF) a décidé, en juin, d'interdire l'importation de viande bovine de ce pays [33]. Mais au début du mois de novembre, un cas d'animal contaminé fut découvert dans le Jura bernois. L'OVF prépara une ordonnance et interdit provisoirement la vente de certains organes en vue de l'alimentation humaine ainsi que l'importation de farines à base de produits bovins. Le texte élaboré prévoit l'interdiction d'alimenter les ruminants avec la farine de viande et d'os, l'inspection avant abattage de tous les bovins âgés de plus de 6 mois, le contrôle régulier de l'état de santé des animaux et l'isolement ou l'abattage des bêtes suspectes dont les carcasses doivent être incinérées [34].

Le Conseil fédéral a mis encore deux autres ordonnances en consultation concernant des sujets semblables. La première, sur les épidémies animales, entend, dans le cadre des exportations suisses de bovins en direction de la CE, renforcer les mesures contre la leucose bovine enzootique. Les troupeaux devront notamment être examinés tous les ans. Cela coûtera à la Confédération 10 millions de francs dans un premier temps, puis un peu moins d'un million chaque année. Seuls les animaux déclarés officiellement sains pourront être exportés. La seconde veut créer les bases légales pour la création d'un service de santé pour les chèvres, soutenu financièrement à 80% par la Confédération et les cantons. Ceci vise particulièrement à lutter contre l'arthrite encéphalite caprine qui menace le cheptel helvétique [35].