Innerhalb der Steuerreform bildete das Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG) den Teil A, die Revision des Bundesgesetzes über die direkten Steuern (DBG) den Teil B [31].. Für beide Vorlagen ging es im Rahmen der Differenzbereinigung vor allem noch darum, den Konflikt zwischen den beiden Ratskammern über die Bemessungsperiode zu eliminieren. Dabei gab der Nationalrat nach und stimmte der vom Ständerat im Vorjahr als Kompromiss beschlossenen Lösung der zweijährigen Vergangenheitsbesteuerung mit dem Recht der Kantone, auch die einjährige Gegenwartsbesteuerung beizubehalten oder neu einzuführen, zu. Die übrigen noch verbliebenen Differenzen beim StHG waren vorwiegend technischer und redaktioneller Natur und konnten im Berichtsjahr ausgeräumt werden [32]..

Im Rechnungsjahr 1989 schlossen die Rechnungen der Kantone trotz günstiger Wirtschaftslage erstmals seit 1984 wieder mit einem Ausgabenüberschuss (rund 180 Mio Fr.) ab. Insgesamt 14 (-1 gegenüber Vorjahr) Kantone konnten ein positives Ergebnis ausweisen, wobei die Kantone Tessin (+100 Mio Fr.), Baselland (+97 Mio), Aargau (+86 Mio), Waadt und Graubünden (je +46 Mio) die besten Rechnungsabschlüsse verzeichneten; die ungünstigsten Ergebnisse zeigten die Kantone Genf (-259 Mio), Zürich (-159 Mio) und Bern (-126 Mio). Gemäss Saldo in Prozent der Ausgaben schlossen die Kantone Baselland (+8,3%), Nidwalden (+6,7%) und Tessin (+5,9%) am besten, Genf (-5,8%) und Glarus (-6,7%) am schlechtesten ab. Das Total der Ausgaben der Kantone nahm 1989 um 8% auf 37,6 Mia Fr. zu, wobei die teuerungsbereinigte Zuwachsrate wie im Vorjahr bei 5,5% lag. Die Einnahmen konnten um 6,1 % auf 37,4 Mia Fr. gesteigert werden. Der Anteil der Kantonsausgaben an den gesamten Ausgaben der öffentlichen Haushalte hat sich zu Lasten des Anteils der Bundesausgaben von 1970 bis 1988 von 33,4% auf 34,4% erhöht. Der Anteil der kantonalen Ausgaben am Bruttoinlandprodukt stieg 1989 weiter an und erreichte 13,2% (1970: 10,5%; 1988: 13%). Gegenüber 1988 erhöhten sich die Schulden um rund 340 Mio Fr. oder 1,1% auf 30,1 Mia Fr. [33] .

Insgesamt hatten die Kantone für 1990 einen Finanzierungsfehlbetrag von 1,9 Mia Fr. und für 1991 sogar einen solchen von 3 Mia Fr. budgetiert. Hauptverantwortlich für diese schlechten Perspektiven waren die Teuerung, ein kräftiges Ausgabenwachstum in den Bereichen Gesundheit, soziale Sicherheit, Umweltschutz und Verkehr, aber auch erwartete Einnahmenausfälle infolge von Steuererleichterungen und Massnahmen zum Ausgleich der kalten Progression [34].