Dans le cadre du stockage des déchets faiblement et moyennement radioactifs, le Conseil fédéral a exigé, en réponse à la requête de la CEDRA de 1988, la simultanéité des travaux sur les trois sites (Oberbauenstock (UR), 011on (VD) et Piz Pian Grand (GR)) initialement envisagés [41] . Dans ce contexte, les gouvernements uranais et grison s'élevèrent contre la proposition de la Division principale de la sécurité des installations nucléaires (DSN) recommandant la construction d'une galerie de sondage sur le seul lieu de l'Oberbauenstock. Sur trois des quatre sites, les travaux préparatoires sont terminés (Piz Pian Grand, Oberbauenstock) ou le seront dans deux ans (Wellenberg, NW). Le gouvernement recommanda donc à la CEDRA de centrer ses efforts sur la réalisation de recherches concrètes au Bois de la Glaive (011on, VD) [42]. Toujours dans le cadre de cette réponse, le Conseil fédéral chargea le DFTCE d'élaborer un protocole d'accord avec les cantons directemement concernés par la procédure susmentionnée [43] .

Dans un communiqué commun, l'ensemble des mouvements suisses d'opposition au stockage des déchets nucléaires — soutenus par Greenpeace, le WWF et les écologistes — sollicita la dissolution de la CEDRA, l'abandon des sondages précités ainsi que la mise au point d'un nouveau concept d'entreposage des déchets radioactifs [44]. Une telle innovation fut présentée par les conseillers nationaux Petitpierre (prd, GE) et Carobbio (ps, TI) qui, par le biais respectivement d'une interpellation et d'une motion, proposèrent d'entreposer les déchets incriminés dans l'enceinte même des centrales nucléaires en activité. Dans sa réponse au texte Petitpierre, le gouvernement fédéral rejeta cette possibilité, expliquant qu'un stockage dans un dépôt final souterrain était plus sûr et plus pratique qu'un entreposage à long terme dans un dépôt intermédiaire [45] . Par ailleurs, à l'interrogation contenue dans le postulat de la députée Bär (gps, BE) quant à l'interdiction de l'exportation de déchets dangereux vers les pays en développement, le Conseil fédéral mit en évidence une norme concernant celle des rebus radioactifs, inclue dans la nouvelle loi sur la radioprotection [46] .

A la suite de l'acception, par la Landsgemeinde nidwaldienne, des trois initiatives — finalement déclarées recevables par le tribunal constitutionnel cantonal — accordant un droit de participation à l'assemblée populaire dans l'octroi de concessions pour le stockage des déchets radioactifs, la CEDRA a décidé de faire recours auprès du Tribunal fédéral et du tribunal constitutionnel cantonal afin de clarifier la répartition des compétences relatives à l'entreposage des déchets radioactifs en Suisse [47].

Cependant, c'est dans le canton de Vaud que la situation de la CEDRA fut la plus inconfortable puisque, suite à l'opposition de la commune d'0llon et du Cado (Comité anti-déchets 0llon), elle ne put entreprendre ses travaux préliminaires [48]. Un compromis intervint néanmoins en janvier entre les opposants et le Conseil d'Etat vaudois, selon lequel la CEDRA fut autorisée à effectuer, sans entrave, ses premières mesures. En échange, le gouvernement cantonal fit part à l'exécutif fédéral de "ses doutes quant au principe d'un dépôt définitif non contrôlé des déchets radioactifs" [49].

Dans le cadre du stockage des déchets hautement et moyennement radioactifs à longue durée de vie, le dépôt intermédiaire prévu à Würenlingen (AG) sera construit et géré par la société ZWILAG (Zwischenlager Würenlingen AG), regroupant les quatre exploitants des centrales nucléaires suisses [50]. Ceux-ci ont décidé de prendre en main la construction d'une telle installation car ils seront prochainement confrontés à la reprise de leurs déchets traités à l'étranger. Comme, parallèlement, les capacités de stockage de la Confédération atteignent lentement leurs limites, que les aménagements actuels doivent être modernisés et que la construction de dépôts finals par la CEDRA accuse un certain retard, les exploitants des centrales nucléaires se sont lancés dans la réalisation d'un dépôt intermédiaire central pour déchets nucléaires devisé à quelque 250 millions de francs, dont la mise en service est prévue pour 1996 [51].

Cependant, lors du délai d'opposition, plus de 10 000 objections ont été formulées, provenant à raison de 94% d'Allemagne. Les opposants demandent que l'autorisation générale ne soit pas accordée. Les principaux arguments qu'ils avancent contre son octroi résident dans l'absence de recherche d'autres sites possibles, dans le défaut de protection contre les accidents, dans la non-étanchéité des conteneurs d'entreposage, dans les rejets ayant lieu au cours de l'exploitation normale du dépôt et dans le danger constitué par les transports de déchets. Ils craignent également que le dépôt, d'intermédiaire, ne devienne définitif. Ils arguent pour cela de la forte densité d'installations nucléaires dans la région, de la potentialité trop élevée de dangers d'accidents dûs à des événements extraordinaires ainsi que des trop grandes émissions radioactives [52].