La contestation contre divers projets élaborés dans le cadre de Rail 2000 s'est poursuivie, de nombreuses variantes étant suggérées afin, notamment, de ménager l'environnement. Le tronçon Mattstetten(BE)-Rothrist(AG) fut particulièrement sur la sellette puisqu'il fut l'objet des motions Luder (udc, BE) et Wiederkehr (adi, ZH) dont les dispositions enjoignent au Conseil fédéral de veiller à ce que les CFF traitent sur un plan d'égalité les propositions des cantons et organisations concernés avec la leur propre et que le parlement puisse se prononcer sur les surcoûts occasionnés par le choix d'un tracé correspondant aux voeux de ces régions. Ces textes ont été transmis comme postulats par le Conseil national [60].

Une autre motion concernant Rail 2000 a été transmise comme postulat par la grande chambre. Emanant de O. Zwygart (pep, BE), elle exige, dans le cadre du doublement de la voie ferrée entre Douanne et La Neuveville, l'établissement d'un long tunnel ferroviaire qui contournerait le village de Gléresse afin de préserver le site et le paysage. Plus généralement, le postulat Allenspach (prd, ZH) s'est attaché à demander l'élaboration d'un plan sectoriel pour Rail 2000 afin de régler l'utilisation des parcelles appartenant aux CFF qui se trouvent aux abords des gares, afin d'y concentrer les installations rassemblant un grand nombre de personnes et créant, de ce fait, une forte circulation [61].

La direction générale des CFF, à l'occasion de son rapport intermédiaire sur Rail 2000, a annoncé une nouvelle explosion du coût prévu pour la réalisation de l'ensemble du projet. Chiffré à 5,4 milliards de francs en 1985, à 7,5 milliards en 1989, c'est une somme de 9 milliards qui fut avancée en 1990 (+ 66% par rapport à 1985). Cet accroissement, s'il est dû, en partie, au renchérissemént, provient également, pour beaucoup, des mesures de protection de l'environnement et des multiples entraves posées par de longues procédures [62]. A ce propos, le Conseil fédéral a mis en consultation, en fin d'année, un projet d'arrêté fédéral urgent (AFU) dont le but est d'accélérer la procédure d'approbation des plans, chaque nouveau délai alourdissant notablement la facture finale. Alors que le système en vigueur, régi par la loi sur les chemins de fer, comporte trois instances compétentes pour traiter les recours, l'AFU envisage de ne plus en conserver que deux, à savoir le DFTCE et le Tribunal fédéral. Il prévoit, de surcroît, la fixation de délais légaux pour le traitement des dossiers et une meilleure coordination en ce qui concerne le remembrement parcellaire et l'expropriation [63]. Le Conseil des Etats a, pour sa part, transmis un postulat de sa commission des transports et du trafic demandant à ce que, dans le cadre des grands projets ferroviaires de la Confédération, l'Office fédéral des transports dispose d'un effectif en personnel suffisant afin que l'approbation des plans soit menée rapidement [64].