La commission de la science et de la recherche du Conseil national a accepté la nouvelle loi sur les EPF mais a introduit un certain nombre de modifications par rapport au projet adopté par le Conseil des Etats en 1989. Ainsi, elle propose de renoncer au niveau hiérarchique de la direction du domaine des EPF et à l'assemblée de ce même domaine. Afin d'anticiper les critiques qui s'ensuivraient relatives à la représentation des différents groupes fréquentant les établissements polytechniques, la commission suggère de renforcer le droit de participation dans le cadre de l'assemblée des hautes écoles. Elle prévoit, pour le Conseil des EPF, une direction partagée entre un président l'exerçant en tant que fonction subsidiaire et un délégué [41].

Le Conseil des Etats a accepté, à l'unanimité, les projets de construction des EPF et de leurs établissements annexes, devisés à près de 334 millions de francs. De ce crédit, 35,8% sont dévolus à 1'EPFL (119,4 millions) qui, dans le cadre de la cinquième phase de la deuxième étape de son transfert à Ecublens (VD), doit construire et étendre son centre de recherche en physique des plasmas, bâtir un édifice dévolu à l'enseignement et aux services ainsi qu'aménager des ouvrages d'infrastructures. L'EPFZ se voit attribuer 4,7% du crédit total (15,8 millions), afin d'acquérir un terrain nécessaire à sa future extension et de subventionner la Fondation pour le logement des étudiants. A l'heure actuelle, I'EPFZ ne peut abriter, à prix modéré, qu'1,8% de ces derniers. L'Institut Paul-Scherrer reçoit 17,4% des subventions fédérales (58,155 millions), notamment pour l'édification de plusieurs laboratoires devant lui permettre de développer sa recherche non-nucléaire. En réponse à une remarque du sénateur Onken (ps, TG), F. Cotti précisa qu'il serait irresponsable, à l'heure actuelle, de comprimer davantage ce type de recherche. Le laboratoire fédéral d'essai des matériaux et de recherches (EMPA) devant être transféré dans de nouveaux locaux situés à la périphérie de la ville de Saint-Gall, il se voit doté de 28% des fonds fédéraux (93,6 millions). Enfin, 14% de la somme totale sont attribués à l'institut fédéral pour l'aménagement, l'épuration et la protection des eaux (EA-WAG), pour la construction de nouveaux bâtiments et de laboratoires [42] .