En 1990, le Conseil fédéral avait mis en consultation un projet d'arrêté fédéral urgent afin d'accélérer la procédure d'approbation des plans, dans le but de freiner le poids financier grandissant de Rail 2000 et d'aller plus vite dans sa réalisation, celle-ci étant entravée par divers oppositions et recours. Son résultat fut dans l'ensemble positif. Le projet du gouvernement vise, en particulier, à diminuer le nombre des instances compétentes pour traiter les recours, à améliorer l'organisation de la procédure, à fixer des délais légaux pour le traitement des dossiers et à mieux coordonner les procédures de remembrements parcellaires et d'expropriations. Ii est d'autre part prévu d'accroître le personnel affecté à l'approbation des plans, ce qui répond au postulat de la commission des transports et du trafic du Conseil des Etats transmis par cette Chambre en 1990. Le parlement a facilement adopté le projet du Conseil fédéral, mais le Conseil national dut affronter diverses propositions de non-entrée en matière, dont la principale provenait de V. Diener (pe, ZH), porte-parole de la minorité de la commission. Son argument principal était qu'une procédure accélérée risquait de mettre en question certains droits démocratiques, et que les retards étaient plutôt dus aux CFF et à la mauvaise conception de leurs projets. Cette même Chambre à également transmis une motion de sa commission demandant au Conseil fédéral de réviser la loi sur les chemins de fer pour que la procédure d'approbation des plans soit accélérée dans tous les domaines et d'une façon durable. Elle fit de même avec la motion Simmen (pdc, SO) de même teneur [48].

Au sujet du tronçon contesté Mattstetten(BE)-Rothrist(AG), le canton de Berne a déposé une initiative cantonale demandant que soit abandonnée la variante proposée par les CFF et que, vu les protestations des communes, organisations et particuliers concernés, soit adoptée la sienne, plus respectueuse de l'environnement et comprenant notamment un tunnel sous le Muniberg [49].

Par ailleurs, le Conseil national a adopté un postulat de sa commission des transports et du trafic demandant au Conseil fédéral l'élaboration d'un rapport sur le trafic régional. Il devra étudier la situation actuelle et les perspectives de développement [50].