Les promoteurs de l'initiative "pour la sauvegarde de nos eaux" ont considéré que la révision de la loi sur la protection des eaux, à laquelle les Chambres ont mis un point final à la fin de 1990, était, à leurs yeux, insuffisante. En conséquence, ils ont décidé de ne pas retirer leur initiative, mais n'ont pas déposé de référendum [43].

Un comité référendaire s'est toutefois formé contre la révision de la loi autour de la Communauté d'intérêt des propriétaires suisses de petites centrales hydrauliques, ainsi que l'Association des usiniers romands et des promoteurs de micro-centrales, pourtant proches des verts. Ces organisations reprochent principalement à la loi ses nouvelles prescriptions en matière de débits minimaux. Ceux-ci ayant été relevés, de nombreuses petites centrales (environ 350) voient leur activité mise en danger. Elles ont prétendu que la nouvelle loi allait à l'encontre des intérêts écologiques réels de la Suisse, puisque la production d'énergie hydroélectrique est l'une des méthodes de transformation de l'énergie ayant le plus faible impact sur l'environnement. Malgré des difficultés dans la récolte des signatures, le référendum a abouti au début du mois de mai [44].

La Suisse et les pays riverains ont signé un protocole additionnel à la Convention de 1976 sur la protection du Rhin par les chlorures, qui vise à abaisser la teneur en sel du fleuve en dessous des valeurs limites. Cette pollution provient pour une grande part des mines de potasse d'Alsace. Bien que celles-ci doivent fermer d'ici l'an 2000, le protocole prévoit la création d'un système de stockage des chlorures provenant de ces exploitations. La Suisse participera financièrement à ces opérations à hauteur de 6% [45].

Mise en consultation en 1989, le Conseil fédéral a adopté l'ordonnance sur l'approvisionnement en eau potable en temps de crise qui entre en vigueur au début de 1992. Ce texte vise à assurer un approvisionnement suffisant de la population, ainsi qu'une protection efficace de l'eau potable contre toutes sortes de dégâts pouvant survenir. Les cantons, responsables de son exécution, sont aussi chargés de l'établissement d'inventaires et de plans de mesures [46].