Les deux Chambres se sont mises d'accord pour l'adoption d'une nouvelle loi sur les EPF. Au début de l'année, le Conseil national a adopté une version de la loi profondément remaniée par sa commission et fort différente de celle adoptée en 1990 par la chambre haute. Par la suite, celle-ci s'est ralliée au projet du Conseil national et n'y a apporté que quelques modifications mineures.

Avec ce nouveau texte, les deux écoles fédérales dépendent dorénavant d'un Conseil des EPF, organe supérieur et stratégique, composé de 9 personnalités nommées par le Conseil fédéral pour une durée de 4 ans. Ce Conseil est chargé d'élaborer une politique générale à laquelle devront se conformer les EPF. Pour contrebalancer cette perte de compétences des deux hautes écoles, la personnalité juridique leur a été accordée. La participation des étudiants, des assistants et des autres membres des EPF va plus loin que dans le projet du Conseil des Etats. Toutefois, au niveau du Conseil des écoles, elle n'est que consultative et devra donc s'exercer avant tout . par le biais des structures internes comme les assemblées d'école et les unités d'enseignement et de recherche. La proposition du socialiste bernois Vollmer d'accorder le droit de vote au sein du Conseil des écoles à quatre membres des différents groupes de personnes relevant des EPF a été largement rejetée. Par contre, il est mentionné que les représentants des étudiants, des assistants et des autres membres des EPF pourront prendre part, lorsqu'ils sont concernés, aux décisions touchant l'enseignement, la recherche et la planification de chaque EPF. L'assemblée d'école devra aussi être consultée pour les décisions d'intérêt général prises par la direction de l'école ou le Conseil; par contre les représentants de l'assemblée sont exclus des commissions préparatoires pour la nomination des professeurs.

D'autre part, le Conseil national a refusé de justesse la proposition de la majorité de sa commission – soutenue, tout particulièrement, par les députés romands afin de faire respecter l'utilisation de la langue française – d'inscrire dans la loi le principe de la territorialité des langues. Il sera donc possible d'enseigner librement dans une des trois langues nationales, ainsi qu'en anglais, à Lausanne et à Zurich. En raison de la longueur des procédures d'adoption de la nouvelle loi, il a été nécessaire de proroger l'arrêté fédéral de 1969 sur la réglementation des EPF [25].

L'Association générale des étudiants de l'EPF de Zurich, soutenue par l'Union nationale des étudiants (UNES) et la Société suisse des étudiants (SES), mais sans l'appui de l'Association des étudiants de l’EPF de Lausanne, a lancé un référendum contre la loi sur les EPF. Elles reprochent à cette dernière de ne pas élargir les droits de participation des étudiants et de centraliser le pouvoir dans les mains du président des EPF. Les référendaires n'ont cependant pas réussi à récolter les 50 000 signatures nécessaires pour faire aboutir le référendum [26].

En ce qui concerne les demandes de crédits pour un montant de 334 millions de francs destinés à des projets de construction des EPF et de leurs établissements annexes, les deux Chambres sont tombées d'accord après avoir accepté deux modifications. Tout d'abord, elles ont décidé d'augmenter la contribution pour la construction de logements estudiantins de 2,5 à 3 millions de francs; d'autre part, elles ont approuvé la proposition Widmer (adi, ZH) qui demande au Conseil fédéral de renégocier le prix, jugé excessif, pour l'acquisition d'un immeuble, nécessaire à l'extension de l'EPF de Zurich [27].

Grâce au soutien financier (12 millions de francs sur cinq ans) de la Société suisse des industries chimiques (SSIC), l'EPF de Zurich pourra financer une future chaire de technologie de l'environnement et de sécurité en chimie, dont la création avait été provisoirement abandonnée en raison des restrictions budgétaires de la Confédération [28].