Der Ständerat befasste sich als Erstrat mit der Dossiereinsicht und -vernichtung. Ausgehend vom Grundsatz, dass ein früher gegebenes Versprechen nicht widerrufen werden soll, beschloss er bei der Dossiereinsicht für diejenigen Personen, welche ihr Gesuch vor dem 1. April 1990 gestellt hatten, eine grosszügigere Lösung, als dies der Bundesrat vorgeschlagen hatte. Auch Gesuchsteller, deren Dossier nach Einschätzung des Sonderbeauftragten nicht mehr Informationen als die Fichenkarte enthält, sollen auf ihrer Einsichtsforderung insistieren dürfen. Wer sein Gesuch erst nach dem 1. April gestellt hatte, soll wie vom Bundesrat vorgeschlagen, sein Dossier nur dann einsehen können, wenn er einen erlittenen Schaden glaubhaft machen kann.

Ebenfalls nicht anfreunden konnte sich der Ständerat mit dem Vorschlag, dass der Sonderbeauftragte die Vernichtung von Akten anordnen soll, welche für die zukünftige Staatsschutztätigkeit nicht mehr benötigt werden und von keinem besonderen Interesse für die Geschichtsforschung sind. Er ging hier auf die Einwände der Wissenschaft ein und beschloss, dass alle Akten, die vom Staatsschutz nicht mehr gebraucht werden, zu archivieren und mit einer Sperrfrist von 50 statt wie üblich 35 Jahren zu belegen seien. Aus Gründen des Persönlichkeitsschutzes räumte er jedoch den Fichierten das Recht ein, die Vernichtung der sie betreffenden Dokumente zu verlangen [13].

Die Kommissionsmehrheit des Nationalrats schloss sich diesen Entscheiden — mit der Ausnahme des individuellen Rechts auf Aktenvernichtung — weitgehend an. Das Plenum beschloss dann aber auf Antrag der von Leuba (Ip, VD) angeführten bürgerlichen Kommissionsminderheit mit 75:71 Stimmen eine wesentlich restriktivere Lösung, welche noch hinter den Vorschlag des Bundesrats zurückging. Sie sah vor, dass nur diejenigen Einsicht in ihre Dossiers erhalten sollen, die glaubhaft machen können, dass ihnen wegen der Fichierung materieller oder ideeller Schaden entstanden ist. Als wichtigstes Argument gegen eine liberalere Einsichtgewährung wurden die hohen Kosten (60-80 Mio Fr.) ins Feld geführt. In der Frage der Aktenarchivierung schloss sich der Nationalrat dem Ständerat an, strich aber die Möglichkeit, Dokumente auf Antrag von Betroffenen zu vernichten [14].

In der Differenzbereinigung verzichtete der Ständerat auf das Recht für Einzelpersonen, die Vernichtung der sie betreffenden Akten zu verlangen. Bezüglich der Akteneinsicht verharrten jedoch beide Räte in einer ersten Runde auf ihren Positionen. Im Nationalrat sprach sich in einer Abstimmung unter Namensaufruf eine Mehrheit, gebildet aus den geschlossenen Fraktionen der SVP, der LP und der AP sowie einer sehr deutlichen Mehrheit der FDP und einer knappen der CVP und der SD/Lega, für das Festhalten an der restriktiven Lösung aus. In der Suche nach einem Kompromiss schlug der Ständerat dann vor, dass den 28 000 Fichierten, welche vor dem 1. April 1990 Einsicht sowohl in die Fiche als auch in allfällige Dossiers verlangt hatten, dieses Recht grundsätzlich gewährt werden soll. Auf die vom Bundesrat vorgeschlagene kostspielige Abklärung der Frage, ob ein Dossier erheblich mehr Informationen enthält als die Fiche, wurde damit verzichtet. Hingegen sollen die Gesuchsteller angefragt werden, ob und aus welchen Gründen sie überhaupt an ihrem Gesuch festhalten wollen, wobei der Sonderbeauftragte über die Stichhaltigkeit dieser Begründung entscheidet. Der Nationalrat schloss sich dieser Lösung an [15].

Der Bundesrat ernannte anstelle des zurücktretenden Walter Gut den Baselbieter Obergerichtspräsidenten René Bacher zum Sonderbeauftragten für Staatsschutzakten [16].