Für die Wahlen in den 80 Sitze umfassenden Stadtrat stellten sich 451 Personen auf 17 Listen (1988: 479 Personen auf 18 Listen) als Kandidaten oder Kandidatinnen zur Verfügung. Der Anteil der kandidierenden Frauen stieg von 36,8 auf 38,8%. Die SP, die drei grünen Formationen Grünes Bündnis, Grüne Partei und Junges Bern/Freie Liste, die Junge Alternative, die PdA sowie der Landesring und die EVP waren nicht nur eine Listenverbindung eingegangen, sondern hatten sich auch auf eine Wahlplattform geeinigt und mit der Bezeichnung "Rot-Grün-Mitte" einen gemeinsamen Wahlkampf geführt. Mit 42 von 80 Sitzen konnten sie die absolute Mehrheit im Stadtrat (Parlament) erobern. Die Sozialdemokraten gehörten mit drei Sitzgewinnen zu den Siegern dieser Wahlen; auch die EVP konnte ein Mandat zulegen. Innerhalb des grünen Lagers kam es zu Mandatsverschiebungen: Einerseits verloren die Grüne Partei und die Freie Liste je zwei Sitze, andererseits gewann das Grüne Bündnis zwei Mandate; mit einem Sitz neu im Rat ist die "Junge Alter native" (JA). Von den bürgerlichen Parteien verlor die FDP zwei Sitze und die CVP einen. Im rechtsnationalistischen Lager gehörten die Schweizer Demokraten mit drei Verlusten zu den Verlierern, während die mit ihnen verbundene Liste "Vertreter der Kleinverdiener/Rentner sprechen auch mit" neu mit zwei Sitzen ins Parlament einzog; die Auto-Partei konnte ihren Bestand um einen Sitz auf sechs erhöhen. Im langfristigen Vergleich seit 1980 gehören allerdings die Parteien des rechtsnationalistischen und populistischen Flügels mit einem Gewinn von rund 10% Wähleranteilen zu den Gewinnern, während sowohl die SP und die Parteien der Mitte als auch die bürgerlichen Parteien Verluste bis zu 5% Wähleranteilen hinnehmen mussten. Einen spektakulären Sprung nach vorn konnten die Frauen verzeichnen; mit 34 Mandaten erreichten sie einen Rekordanteil von 42,5%. Allein die SP besetzte 14 ihrer 23 Sitze (60,9%) mit Frauen; im Rot-Grün-Mitte-Block erhielten die Frauen 27 der insgesamt 42 Sitze, während auf der bürgerlichen und rechtsnationalistischen Seite sieben der 38 Sitze an Frauen gingen [25].

Auch für die nach Proporzregeln durchgeführten Wahlen in den 7köpfigen Gemeinderat (Exekutive) einigten sich die Parteien des grün-roten Spektrums und der Mitte auf ein gemeinsames Vorgehen und die Präsentation einer Fünferliste. Der "Rot-Grün-Mitte"-Block eroberte vier Gemeinderatssitze und erlangte damit die Mehrheit. Das beste Resultat erreichte die bisherige Schuldirektorin Joy Matter (JB/FL), gefolgt von den beiden bisherigen Sozialdemokraten Klaus Baumgartner und Alfred Neukomm. An vierter Stelle konnte sich die Vertreterin des Grünen Bündnisses, Therese Frösch, plazieren. Das von der FDP, der SVP und der CVP gebildete Bündnis "Bern bleibt bürgerlich" erhielt drei Sitze. Finanzdirektor Josef Bossart (cvp) war der Bestplazierte auf dieser Liste. Die andern zwei Sitze konnte die FDP halten: Theres Giger und Kurt Wasserfallen ersetzten die zurücktretenden Marco Albisetti und Werner Bircher. Der Sitzverlust der bürgerlichen Parteien ging zulasten des bisherigen Planungs- und Baudirektors Marc-Roland Peter (svp). Die Parteien des rechtsnationalistischen Spektrums hatten sich nicht auf eine gemeinsame Liste einigen können und blieben deshalb klar ohne Chancen. Wie in Biel sind auch in der Berner Stadtregierung drei Frauen (42,9%) vertreten [26].

Gleichzeitig mit der Wahl der Gemeinderäte fand auch die Wahl für das bisher vom Freisinnigen Bircher gehaltene Stadtpräsidium statt. Im ersten Wahlgang erreichte niemand das absolute Mehr. 43,2% der Stimmen entfielen auf Klaus Baumgartner (sp), Theres Giger (fdp) erzielte 28,2% und Josef Bossart (cvp) 17% [27]. Im zweiten Wahlgang wurde, nachdem die freisinnige Giger nicht mehr kandidierte, Klaus Baumgartner von rund 62% der Stimmenden bei einer Beteiligung von 33,7% gewählt. Sein Konkurrent Bosshart (cvp), welcher von den rechtspopulistischen Parteien, nicht aber von FDP und SVP unterstützt wurde, erhielt 36% der Stimmen [28].