Suite à l'avis de la Cour de Justice de la CE (CJCE) du mois de décembre 1991 au sujet du traité EEE, qui concluait à l'incompatibilité de la création d'une Cour de justice de l'EEE avec le texte du traité de Rome, les délégations des pays de I'AELE et de la CE ont dû renégocier certaines dispositions du volet juridictionnel. Les enjeux principaux de cette révision résidaient dans la préservation maximale de l'homogénéité du droit de l'EEE – l'uniformité de son interprétation et de son application – et dans le règlement des différends. Ayant rapidement admis qu'il n'était plus envisageable d'établir une juridiction commune chargée d'interpréter les dispositions du traité, les négociateurs de l'AELE, tout particulièrment suisses, ont surtout insisté sur l'instauration d'un mécanisme d'arbitrage paritaire permettant de relativiser la «soumission aux juges étrangers» de la CJCE.

Après deux mois d'âpres négociations, la CE et les pays de l'AELE ont finalement abouti à une solution de compromis sous la forme d'un mécanisme juridictionnel complexe en remplacement de la Cour de I'EEE. Il a ainsi été prévu que les tribunaux nationaux de I'AELE interpréteraient eux-mêmes le droit de l'EEE, mais conformément à la jurisprudence de la CJCE établie jusqu'à la date de la signature de l'accord; cependant, ils n'ont pas l'obligation formelle de suivre la jurisprudence ultérieure. En cas de différend relatif à l'application du droit de I'EEE dans les pays de l'AELE (application des tribunaux nationaux sans l'aide de la CJCE ou dans le cas où ceux-ci ne suivraient pas la nouvelle jurisprudence de la CJCE), la recherche d'un règlement entre la CE et les pays de I'AELE devrait se faire au sein du Comité mixte de I'EEE, chargé de la mise en oeuvre du traité. Si les partenaires n'arrivaient pas à se mettre d'accord au sein du Comité – qui devra se tenir au courant de l'évolution de la jurisprudence de la CJCE –, deux solutions seraient envisageables. Premièrement, ils pourraient demander d'un commun accord à la CJCE de se prononcer sur l'inter= prétation correcte; deuxièment, la CJCE n'est pas sollicitée et, dans cette hypothèse, les pays de l'AELE auraient la possibilité d'adopter des clauses de sauvegarde tandis que la CE serait autorisée à prendre des mesures de rééquilibrage (adoptées en réponse à une mesure de sauvegarde des pays de l'AELE) ou des mesures de suspension à l'égard de tous les pays de l'AELE pour la partie concernée du traité.

Un différend au sujet des clauses de sauvegarde ou des mesures de rééquilibrage, notamment leur proportionnalité, sera soumis à un tribunal d'arbitrage ad hoc, composé de façon paritaire et dont la décision sera contraignante. En revanche, les mesures de suspension ne pourront pas être soumises au mécanisme d'arbitrage. En cas de différends concernant le développement futur du droit de I'EEE, le règlement aura lieu à un niveau strictement politique, au sein du Comité mixte de l'EEE: si un pays de l'AELE s'opposait à la reprise d'une règle communautaire, la CE serait en mesure de suspendre l'application de la partie concernée du traité.

D'autre part, une Cour de justice de I'AELE a été instituée; elle aura notamment pour tâche de régler les conflits internes à ('AELE et d'accorder aux entreprises de l'AELE, en matière de concurrence, des garanties juridictionnelles semblables à celles qui existent dans la CE. Cependant, seuls les différends concernant des affaires réalisées pour 33% au moins sur le territoire des pays de I'AELE et dépourvus d'effets sur la CE seront soumis à la Cour de l'AELE. Pour le reste, les entreprises des pays de l'AELE devront s'adresser à la CJCE [11].

Quelques jours après la conclusion de ce compromis, la Commission européenne, suite à une résolution du Parlement européen qui avait exprimé certaines critiques à l'égard du traité, a encore une fois demandé à la CJCE de se prononcer sur la conformité des nouveaux articles de l'accord EEE avec le traité de Rome. Au début du mois d'avril, à la satisfaction du Conseil fédéral et des négociateurs suisses qui avaient déjà laissé entendre leur appréciation positive du traité révisé, les magistrats de la CJCE ont rendu un verdict favorable sur la conformité de ces deux textes. Elle a cependant émis quelques réserves, notamment en soulignant que le Comité mixte ne pouvait en rien contredire la . jurisprudence communautaire. Même si dans l'ensemble, l'aboutissement de la révision du traité EEE a plutôt été bien accueillie par les partis politiques et les divers acteurs socio-économiques, une majorité des commentaires a souligné que la renégociation des dispositions juridiques avait accentué le déséquilibre du volet institutionnel en faveur de la CE. Certains, le PS notamment, ont déclaré que la nouvelle version de l'accord n'avait fait que renforcer son caractère transitoire. Pour leur part, le PRD et le PDC se sont montrés satisfaits de la conclusion du traité, alors que l'UDC a annoncé qu'elle s'y opposerait très vraisemblablement. A la mi-avril, les négociateurs en chef des délégations de la CE et des pays de l'AELE paraphaient le traité EEE; deux semaines plus tard, les gouvernements des 19 pays européens le signaient [12].