Le Conseil fédéral a présenté aux Chambres son rapport sur l'engagement et l'organisation de la protection civile (PCi), qui constitue le plan directeur de la réforme de cette institution. Ce programme se place dans le cadre de l'analyse faite par le gouvernement des récents bouleversements mondiaux et de sa concrétisation dans le plan directeur d'Armée 95. Ainsi, si la mission de la protection civile restera la protection et le sauvetage de la population en cas de guerre, elle se verra assigner une nouvelle tâche consistant à fournir une aide en cas de catastrophe, qu'elle soit d'origine naturelle, technique ou technologique. En outre, elle se devra de protéger les biens culturels en cas de conflit armé, ainsi que de participer à des opérations de secours transfrontalières. Selon le projet du gouvernement, la PCi conservera son caractère fédéraliste et la commune en sera toujours la principale responsable. Mais les cantons devront assumer une plus grande responsabilité dans le domaine des cours de répétition. Cependant, pour une meilleure uniformisation, l'instruction de base sera dispensée aux cadres par la Confédération et aura un caractère plus professionnel. Les effectifs passeront de 520 000 hommes à 380 000. L'âge d'incorporation se situera entre 20 ans pour les non-soldats (42 ans pour les soldats) et 52 ans (au lieu de 60). Cette réforme devrait permettre de réaliser de substantielles économies. Les décisions déjà prises en ce domaine par le gouvernement ont été d'abandonner l'acquisition du système de radio locale, de réduire les exigences en matière de constructions du service sanitaire et de renoncer à la construction d'abris dans les communes où les 90% de la population sont déjà protégés (économie globale d'environ 42 millions de francs) [71].

Bien que le parlement ait pris acte du rapport et que le Conseil national ait rejeté une motion de sa commission des finances demandant une réduction de 25% de ses dépenses pour ces prochaines années, la protection civile s'est trouvée attaquée de toutes parts, et les critiques ont fusé des rangs de la droite comme de la gauche. Les députés ont considéré la PCi comme une institution qui coûte cher et qui n'est que peu efficace. Si la droite a malgré tout salué la réforme proposée, la gauche a estimé qu'elle n'allait pas assez loin [72].

La grande chambre a encore rejeté la motion Ledergerber (ps, ZH) qui visait à une refonte de la protection civile, notamment en abrogeant le service obligatoire en période de paix durable, en la transformant en protection contre les catastrophes et en la plaçant sous la direction d'une autorité civile [73]. Elle a par contre transmis le postulat Duvoisin (ps, VD) exigeant un important transfert de compétences de la Confédération aux cantons en matière de protection civile (principe de subsidiarité) [74].

Le GSsA, devant le succès de son initiative contre le F/A-18, a envisagé de lancer une initiative visant à l'abolition de la protection civile. Le plan directeur du gouvernement est en effet considéré par le GSsA comme un simple toilettage, la PCi restant toujours empreinte de sa traditionnelle idéologie militariste [75].

Par ailleurs, afin de remplacer Hans Mumenthaler, partant pour la retraite, le Conseil fédéral a nommé à la tête de l'office de la protection civile le bâlois Paul Thüring qui dirigeait jusque là l'office de protection civile du canton de Bâle-campagne [76].