Si l'agriculture était formellement exclue de l'accord EEE, ce dernier contenait ce pendant une clause évolutive (art. 19) ayant comme objectif de libéraliser progressivement le commerce agricole. Toutefois, dans le cadre des négociations, des accords ont été conclus bilatéralement entre les Etats de I'AELE et la CE. Pour la Suisse, il s'agissait d'un élargissement réciproque de l'accès au marché dans le domaine des fromages. Par ailleurs, en vue du renforcement de la cohésion économique et sociale prévue par le traité, la Suisse a accordé unilatéralement des suppressions de droits de douane pour divers produits en provenance des pays de cohésion (économiquement faibles) de la CE. Pour ce qui est des produits agricoles transformés, l'accord EEE comprenait plusieurs listes d'éléments, les unes soumises à un libre échange intégral, les autres permettant certaines compensations nécessitées par les différences de prix de revient des produits de base entrant dans la fabrication. En outre, il était prévu que le commerce des spiritueux soit libéralisé, ce qui aurait impliqué un réaménagement du monopole suisse des alcools.

Ces diverses mesures ne purent entrer en vigueur car, bien que le parlement ait adopté les réformes légales nécessaires, le refus en votation populaire le 6 décembre du traité EEE les a rendues caduques [7].

Par ailleurs, la CE a annoncé une modification de sa politique agricole commune consistant en un remplacement progressif du système des prix subventionnés par l'allocation de versements compensatoires. Si cela va dans le sens des réformes entreprises en Suisse, les autorités helvétiques ont néanmoins déclaré que, de par la baisse des prix que cela entraînerait, des problèmes de concurrence seraient posés aux agriculteurs helvétiques [8].