Le gouvernement a présenté son message sur l'initiative populaire «pour la protection des régions alpines contre le trafic de transit», déposée en 1990. Ce texte entend protéger les régions de montagne des nuisances dues au trafic de transit et prescrit, pour cela, le transfert complet du trafic de transit de la route au rail. Selon le gouvernement, cette initiative, lancée en 1989, est devenue caduque car, entre temps, toute une série de mesures ont été prises (réduction des émissions de substances polluantes et de bruit, protection de la nature et du paysage, étude d'impact, promotion des transports publics, accroissement de la capacité du Gothard et du Lötschberg, nouvelles transversales alpines, Rail 2000 et Cargo 2000, restrictions de la loi sur la circulation routière à l'encontre des poids lourds, Convention sur la protection des Alpes, traité sur le transit, etc.). De plus, elle irait à l'encontre de certains engagements internationaux pris par la Suisse. En particulier, elle violerait le principe de non-discrimination à l'égard des étrangers et pourrait provoquer des mesures de rétorsion de la part des autres pays. Enfin, elle contredirait le principe du libre choix du moyen de transport. En conséquence, le Conseil fédéral a recommandé le rejet sans contre-projet de ce texte, position sur laquelle le Conseil national s'est entièrement aligné, malgré l'opposition des verts et du PS [15].

La grande chambre a encore décidé de ne pas donner suite à une initiative du canton d'Uri; celle-ci ayant un contenu quasiment identique à l'initiative populaire précitée, les mêmes arguments ont prévalu à son encontre [16].