Selon les CFF, l'explosion des coûts de Rail 2000 (près du double de ce qui avait été prévu en 1987) pourrait conduire à un retard ou même un renoncement dans la construction de nouvelles lignes. Deux tronçons ont été particulièrement cités; il s'agit des nouvelles lignes entre Berne et Lausanne et entre Herzogenbuchsee (BE) et Soleure. Quoiqu'il en soit, de telles mesures ainsi que l'exposé des raisons de la hausse du prix du projet nécessiteront la publication d'un message complémentaire de la part du Conseil fédéral [50].

Dans le cadre du choix d'une variante pour le tronçon contesté Mattsteten (BE)-Rothrist (AG), les CFF se sont prononcés, essentiellement pour des raisons financières, en faveur du tracé à ciel ouvert. Ils ont ainsi délaissé le projet défendu par les communes et le canton bernois avec tunnel sous le Muniberg [51]. Pour les mêmes raisons, ils ont également rejeté une nouvelle variante effectuée par les experts des écoles polytechniques entre Liestal (BL) et Olten (SO) comprenant un tunnel sur la plus longue partie du trajet [52].

Le Conseil national a transmis le postulat Bircher (pdc, AG). Préoccupé par l'amélioration du trafic ferroviaire dans la vallée du Rhin, de Stein (AG) à Winterthour notamment, le député a proposé d'y réaliser pleinement les objectifs de Rail 2000. Sont en particulier concernés la mise sur pied d'un plan d'ensemble du trafic régional, une amélioration des horaires et des dessertes, une meilleure coordination des transports entre l'Allemagne et la Suisse et l'arrêt du démantèlement de certaines lignes [53].