Malgré les nombreuses négociations menées avec le canton du Valais et la Confédération, les CFF ont finalement décidé de supprimer dès 1993 le transport des automobiles à travers le Simplon. La régie a invoqué pour cela la diminution de la demande, la suppression de la contribution de la Confédération ainsi que d'autres investissements urgents à faire. Cela a provoqué la grogne du canton du Valais et une pétition munie de 25 000 signatures a été déposée à la Chancellerie fédérale [57]. Le parlement s'est également penché sur le sujet. Ainsi, le Conseil des Etats a transmis la motion Bloetzer (pdc, VS) demandant que le transport d'automobiles accompagnées à travers le Simplon soit inclus dans les prestations des CFF susceptibles de bénéficier d'indemnités, ceci afin de contrecarrer le projet de la régie [58]. Pour sa part, le Conseil national a rejeté ce texte ainsi qu'une motion Schmidhalter (pdc, VS) de même teneur. La Chambre a en effet estimé que cela n'était pas opportun car, lors de la discussion en 1986 sur le mandat des CFF, une telle proposition avait déjà été refusée. Elle a ajouté que le transport par route pouvait suffire et que la demande de transport ferroviaire de voitures était par trop en baisse pour qu'il faille intervenir [59].

Dans le domaine du trafic régional, le Conseil national a transmis comme postulat la motion Cavadini (prd, TI) qui demande au Conseil fédéral de prendre des mesures visant à améliorer l'offre de la ligne Lugano-Chiasso-Côme-Milan [60]. Il a fait de même avec la motion Borel (ps, NE) qui demandait au gouvernement d'empêcher les CFF de transférer du rail à la route une partie des transports publics au Val-de-Travers (NE) avant que n'aient été réalisées des études sur les besoins en transports publics entre Pontarlier (F) et Neuchätel, les liaisons TGV via Pontarlier et Vallorbe (VD) et les économies possibles à faire avec les équipements actuels [61].

La même Chambre a encore accepté le postulat Baumberger (pdc, ZH) souhaitant que les trains internationaux de la ligne Stuttgart-Zurich passent par Schaffhouse-Winterthour-Zurich-Aéroport afin de revaloriser ce tronçon, de mieux absorber le trafic Nord-Sud et d'améliorer la situation économique des régions traversées [62].