Les comptes 1992 des CFF montrent une dégradation de la situation par rapport à 1991, ce qui, outre des problèmes structurels (frais de personnel, charge des intérêts), fut principalement dû à la conjoncture économique difficile. Le déficit enregistré fut de 136 millions de francs, le total des produits étant de 6,2 milliards (+5,4%) et celui des charges de 6,33 milliards (+7,2%). La participation de la Confédération a encore augmenté pour se fixer à 1,99 milliard (+ 6,3%). Si le trafic voyageur a légèrement diminué, la récession économique s'est surtout fait sentir dans le trafic marchandise (-6,6% de tonnage transporté) [64].

Le Conseil national a rejeté, pour des raisons financières, le postulat Bircher (ps, AG) qui entendait transformer la carte journalière en carte valable 24 heures et étendre la validité de la carte familiale aux grand-parents [65]. Par contre, il a transmis le postulat Béguelin (ps, VD) souhaitant que, dans le cadre du nouveau contrat entre CFF et PTT pour le transport de colis postaux et de lettres, l'accent soit mis sur le transfert de la route au rail de ce type de transports, et que les intérêts des entreprises concessionnaires soient préservés en matière de transports postaux [66].

Les CFF ont annoncé une nouvelle augmentation de leurs tarifs pour le 1er mai 1993. Plutôt qu'une hausse généralisée, ils ont préféré accroître le prix du billet sur certaines lignes seulement, les plus rentables [67].

Le président de la direction générale des CFF, H. Eisenring, 60 ans, a démissionné en fin d'année de son poste. Il a fait valoir des raisons de santé et a déclaré vouloir transmettre dans des mains plus jeunes le lourd dossier des restructurations à venir de la régie. Il a été remplacé par Benedikt Weibel, anciennement chef du département des transports de la régie. Le poste de ce dernier est désormais occupé par H.-P. Fagagnini, jusque-là sous-directeur de l'Office fédéral des transports [68].

Le budget 1993, ainsi que le plan à moyen terme 1994-1998, annoncent une nouvelle dégradation de la situation financière de la régie. Le déficit devrait atteindre 234 millions de francs en 1993 avec un total des recettes de 6,466 milliards de francs et des" dépenses de 6,7 milliards, ceci malgré un accroissement des contributions de la Confédération de 9% (2,17 milliards de francs). Le taux de couverture des charges diminuera encore pour se situer à 76,4%. Afin de freiner cette évolution, la régie a annoncé un abaissement de l'effectif en personnel de 440 unités pour ces prochaines années [69].

Si le parlement a adopté le budget, de nombreux députés, bourgeois essentiellement, ont néanmoins fait part de leurs préoccupations quant à la détérioration importante des finances de la régie. Au Conseil national, les radicaux, soutenus par une partie des libéraux, la Lega, les démocrates suisses et les automobilistes firent même une demande de renvoi en raison du trop gros déficit budgétisé; elle fut toutefois assez largement repoussée. Pour leur part, les démocrates-chrétiens, les socialistes et les démocrates du centre ont défendu ce budget en estimant qu'il fallait donner la priorité aux transports publics [70].