Un conflit a éclaté entre la Suisse, la CE et la France concernant les emballages pour boissons. L'ordonnance helvétique à ce sujet prescrit l'interdiction du PVC dès le 1er novembre 1991, interdiction confirmée par le Tribunal fédéral. Or, le PVC constitue l'emballage de prédilection des minéraliers français. Ceux-ci, ainsi que la Commission européenne, ont accusé la Suisse d'avoir mis en place une mesure discriminatoire, douteuse du point de vue environnemental et non eurocompatible, afin de protéger le marché suisse des eaux minérales. La Suisse s'est défendue de toute volonté protectionniste et a affirmé n'agir que dans le but d'une protection accrue de l'environnement [51].

Par ailleurs, les évaluations quant aux conséquences de cette ordonnance sur le volume des déchets ont fait apparaître des résultats positifs et une importante diminution globale des déchets des emballages pour boissons. Ainsi, les buts fixés par le texte légal ont été largement respectés en ce qui concerne le verre et, dans une moindre mesure, l'aluminium. Par contre, les objectifs posés pour le PET n'ont pu être atteints. La raison principale fut le retard pris par le processus de recyclage en ce domaine. La marge de progression pour ce type de déchets reste cependant importante [52].

La France a décidé de ne plus accepter sans condition les ordures ménagères étrangères sur son sol, notamment les déchets helvétiques, et a introduit des procédures de contrôle et de notification identiques à celles en vigueur pour les déchets spéciaux. La Suisse, en particulier les cantons de Vaud et du Jura, avait en effet pris l'habitude depuis de nombreuses années d'exporter ses surplus. La nouvelle situation la contraint à assumer elle-même le traitement, ce qui devrait être possible, compte tenu de l'avancement du programme de rénovation des installations d'incinération des ordures ménagères [53].