Dans le but notamment d'adapter la législation au mandat constitutionnel émanant de l'adoption par le peuple de l'initiative Rothenthurm en 1987, le Conseil des Etats a adopté à l'unanimité la révision de la loi sur la protection de la nature et du paysage. Sous la pression de certains cantons alpins possédant de nombreux sites marécageux, le projet du Conseil fédéral a été quelque peu assoupli. C'est ainsi que les sénateurs ont ajouté un article stipulant que l'aménagement et l'exploitation des sites marécageux étaient admissibles lorsqu'ils ne portaient pas atteinte à leurs éléments caractéristiques, ce qui élargit le champ des exceptions prévues précédemment. Par contre, la Chambre a rejeté les propositions visant à biffer les dispositions rétroactives prévues par l'article constitutionnel et à rendre possible l'agrandissement d'immeubles ou la construction de routes dans ces sites. Par ailleurs, elle a précisé que, concernant le droit de recours des organisations de protection de la nature, ces dernières devaient intervenir dès le premier stade de la procédure. En outre, s'il incombe au Conseil fédéral de définir le périmètre des sites protégés, la petite chambre a tenu à préciser que cela devait se faire en étroite collaboration avec les cantons, ceux-ci consultant eux-mêmes les propriétaires touchés [58].

Les cantons d'Obwald, de Schwytz et des Grisons ont déposé chacun une initiative demandant l'édulcoration de l'article 24sexties de la constitution (Rothenthurm). Selon leurs textes, il s'agirait de pondérer la protection des marais avec les intérêts de l'économie régionale tels que tourisme, armée, loisirs, commerces et industries. En outre, la clause de rétroactivité contenue dans la disposition transitoire devrait être abrogée [59].

Pour sa part, la commission du Conseil national a déposé une motion demandant que, concernant les sites marécageux, l'article constitutionnel soit modifié, afin que le maintien d'une utilisation déjà existante de ces sites comme espaces de vie, de travail ou de détente soit possible, si tant est que ces activités ne portent pas atteinte à des bas ou hauts-marais [60]. Au Conseil national toujours, T. Schnider (pdc, LU) a déposé une motion de même teneur cosignée par 112 députés et demandant de surcroît la réduction du nombre de sites à protéger [61].

Ces diverses interventions ont provoqué des protestations véhémentes de la part des organisations de protection de l'environnement et de la nature. Celles-ci ont dénoncé ce qu'elles considèrent comme une entreprise de sabotage de la protection des marais au seul bénéfice des intérêts de la construction et du tourisme [62]. Pour sa part, le Conseil fédéral a déclaré qu'il n'entendait pas trahir la volonté populaire, mais qu'il était prêt à poursuivre sa collaboration étroite avec les cantons et à examiner de près les cas où des conflits importants existent, quitte à réduire le nombre d'objets figurant dans l'inventaire des sites marécageux [63].

Le Conseil fédéral a mis en vigueur le 15 novembre l'ordonnance sur la protection des zones alluviales d'importance nationale visant à protéger 169 objets significatifs. Le but de ce texte est de garantir des conditions aptes au développement de la faune et de la flore typiques de ces régions. Il appartient aux cantons de délimiter précisément ces espaces ainsi que les zones tampons adéquates. Les seules possibilités de porter atteinte à ces endroits concernent des projets dont l'emplacement s'impose directement par leur destination, et qui servent la protection de l'homme ou un intérêt public prépondérant d'importance nationale [64].