Les mesures d'assainissement des finances fédérales prévues par le Conseil fédéral ont soulevé les protestations des milieux responsables de la formation et de la recherche universitaire. Réunis sous un même front, la CUS, la CDIP, le FNRS et la Conférence des recteurs des universités suisses (CRUS) ont demandé que le crédit en faveur des universités pour la période 1992-95, adopté en 1991, soit maintenu. Selon elles, contrairement au chiffre de 5% avancé par les autorités fédérales, les subventions de base pour les universités seraient en réalité amputées de 12,35%, si l'on tenait compte d'autres restrictions déjà réalisées. De plus, les réductions les plus massives concernent des domaines de première importance, comme la relève universitaire (-55%), la mobilité des étudiants (–33%) ou les programmes de recherche prioritaire (l'informatique et la biotechnologie entre autres). Les représentants des milieux universitaires ont surtout souligné les répercussions négatives à long terme de ces mesures, notamment sur la qualité de la formation, l'accroissement du nombre d'étudiants risquant encore d'amplifier les difficultés. La linéarité des coupes budgétaires a également été montrée du doigt [18].

Pour faire face aux difficultés budgétaires, le chef du Groupement de la recherche et de la science (GRS), H. Ursprung, s'est exprimé à plusieurs occasions en faveur d'une meilleure coordination des universités, notamment romandes, afin d'éviter le dédoublement des formations académiques similaires. Pour y parvenir, H. Ursprung préconise une spécialisation accrue de chaque université et la création, sur le modèle du Conseil des EPF, d'une instance supracantonale qui disposerait de compétences pour définir certaines orientations des universités. Les autorités académiques romandes ont réagi avec scepticisme aux propositions du chef du GRS, mais se sont déclarées prêtes à intensifier leur collaboration [19].

A l'initiative des autorités de l'EPFL et de l'université de Genève, la première tentative d'envergure d'une meilleure collaboration inter-universitaire a vu le jour avec le projet d'introduire une formation commune en architecture entre I'EPFL et l'école d'architecture de l'université de Genève (EAUG). Les deux premières années de formation devraient se dérouler à Lausanne alors que les enseignements des années suivantes auraient lieu dans les deux villes. Il était ainsi prévu d'aboutir à un plan d'études commun, avec un diplôme unique pour l'année académique 1993/94. Cependant, au mois de décembre, F. Cotti a fait savoir au chef de l'instruction publique genevoise qu'en raison des difficultés financières du canton de Genève, il était favorable à ce que I'EPFL prenne en charge la totalité de la formation en architecture, ce qui signifierait la fermeture de I'EAUG et le licenciement d'un certain nombre de professeurs. La lettre du chef du DFI a provoqué la réprobation des responsables académiques et politiques genevois qui ont jugé sa proposition inacceptable [20].

Dans les cantons universitaires qui connaissent d'importants déficits budgétaires — particulièrement en Suisse romande —, les dépenses destinées aux universités ont été touchées par les mesures d'austérité prises par les autorités politiques. Les responsables académiques ont ainsi été contraints à redéfinir certaines priorités et à prendre différentes mesures telles que la stabilisation de certaines dépenses, la majoration des frais d'inscription ou encore la suppression de postes. La situation s'est avérée particulièrement difficile dans les cantons de Berne et de Genève. Ces mesures ont donné lieu à différentes protestations de la part des milieux étudiants et du corps intermédiaire [21].