Dans son message sur le programme consécutif au rejet du traité de l’EEE, le Conseil fédéral a indiqué qu'il donnait dans l'immédiat la priorité aux négociations bilatérales avec l'UE afin de conclure des accords sectoriels sur les dossiers intéressant la Suisse.

Lors d'une première réunion du comité mixte de l'accord de libre-échange de 1972 en février, il est ressorti que, parmi les nombreuses propositions (16) de négociations bilatérales de la Suisse, les dossiers directement liés à l'accord de 1972 (règles d'origine et produits agricoles transformés) revêtaient un intérêt commun pour la Suisse et l'Union. Un groupe d'experts a ainsi été institué afin d'examiner ces problèmes. Au sujet des dossiers moins directement liés à l'accord de libre-échange (entraves techniques aux échanges, marchés publics, propriété intellectuelle, questions vétérinaires et phytosanitaires, responsabilité du fait produit) la commission européenne s'est montrée beaucoup plus réservée. Enfin, concernant les domaines hors accord de libre-échange, comme par exemple les transports et la participation aux programmes de recherche de l'UE, la commission s'est contentée de prendre note des souhaits de la Suisse [15].

Fin juin, les conseillers fédéraux F. Cotti et J.P. Delamuraz se sont rendus à Bruxelles, à l'invitation de la commission européenne, pour rencontrer plusieurs de ses membres, dont son président J. Delors, afin de faire le point sur les relations entre la Suisse et l'Union européenne. Sur la base des propositions de négociation de la Confédération, la commission européenne, dont les relations avec la Suisse étaient loin de constituer une priorité, a élaboré un rapport sur les relations futures avec la Suisse à l'intention du Conseil des ministres. Dans ce document, qui souligne que les accords bilatéraux devaient se baser sur l'avantage mutuel et la réciprocité, les commissaires européens préconisaient dans une première étape d'ouvrir des négociations bilatérales que sur deux dossiers: transports routier et aérien et libre circulation des personnes. Afin de ne pas risquer le rejet par le peuple suisse d'un des accords bilatéraux, la commission de Bruxelles a exigé que ceux-ci soient juridiquement liés. Les négociateurs suisses ont réagi de façon très critique aux propositions de la commission; ils ont notamment estimé que le lien établi par la commission entre les transports et la libre circulation des personnes était incompréhensible et injustifié notamment parce que l'ouverture de négociations sur les transports était déjà prévue dans l'accord sur le transit conclu en 1992 [16].

Sous l'impulsion de la présidence belge, le Conseil des ministres des affaires étrangères a modifié le cadre des négociations avec la Suisse dans le sens d'un assouplissement et d'un élargissement des propositions de négociation. Les ministres des affaires étrangères des douze se sont montrés divisés sur la stratégie à suivre lors des négociations avec la Suisse; les pays du Sud de l'Europe (Espagne, Italie et Portugal), dont les ressortissants sont nombreux à travailler en Suisse, soutenaient une ligne dure, alors que les pays du Nord de l'Europe, moins intéressés à des concessions de la Suisse dans le domaine de la libre circulation des travailleurs, étaient plus modérés. Le Conseil des ministres a ainsi adopté un cadre de négociation à l'intention de la commission européenne comprenant cinq dossiers; outre les transports et la libre circulation des personnes, trois nouveaux domaines prioritaires furent retenus: la participation de la Suisse aux programmes de recherche de l'UE, l'accès au marché des produits agricoles et la question des règles d'origine, ce dernier dossier devant être réglé dans le cadre du comité mixte Suisse-UE de l'accord de libre-échange de 1972. Par ailleurs, les ministres des douze se sont déclarés prêts à entamer ultérieurement des négociations dans les domaines évoqués par la Suisse comme les obstacles techniques aux échanges et l'accès aux marchés publics. Bien qu'ayant renoncé à établir un lien juridique entre les différents dossiers, le Conseil des ministres, afin de se prémunir d'un rejet par le peuple suisse d'un accord conclu, a averti qu'il ratifierait ces accords après que la Suisse l'aura fait. Le Conseil fédéral a accueilli avec soulagement la décision du Conseil des ministres. Les négociations entre la Suisse et l'Union européenne devraient formellement débuter en 1994 [17].

En fin d'année, un accord a pu être trouvé entre les négociateurs suisses et européens au sein du comité mixte de l'accord de libre-échange de 1972 sur la question des règles d'origine; à quelques nuances près, la Suisse pourra ainsi bénéficier du même régime que les autres pays de l'EEE. Ce premier succès de la «voie bilatérale» revêtait une grande importance pour l'industrie d'exportation qui écoule près des deux tiers de ses produits vers les pays de l'EEE [18].